Klubas įkurtas 2015 m. Žaidė Trečioje lygoje (trečioje pakopoje). 2016–2017 m. sezone tapo savo grupės nugalėtojais.
2017–2018 m. sezone rungtyniavo Antroje lygoje, užėmė ketvirtą vietą. 2018–2019 m. sezone savo grupėje tapo nugalėtojais ir po sezono buvo perkelti į aukščiausią šalies lygą.
Nuo 2019–2020 m. sezono rungtyniavo Pirmoje lygoje. Debiutiniame sezone liko dešimtoje vietoje. 2020–2021 m. Pirmoje lygoje užėmė trečią vietą. 2021–2022 m. tenkinosi šešta vieta, o 2022–2023 m. sezone likus keletui turų iki sezono pabaigos tapo aišku, kad pirmą kartą klubo istorijoje iškovojo čempionų titulą. Pateko į 2023–2024 m. Čempionų lygą. 2023 m.liepos 11 d. įvyko rungtynės Vilniuje prieš „Žalgirio“ klubą, pasibaigusios nulinėmis lygiosiomis (0:0).[2][3]2023 m.liepos 18 d. įvyko atsakomosios rungtynės Šiaurės Makedonijoje.[4] Jose 76 minutę Besart Ibraimi realizavo 11 metrų baudinį ir FC Struga pirmavo rezultatu 1:0. Per likusį laiką krito du įvarčiai į makedonų vartus ir FK Žalgiris pateko į kitą etapą.[5] 78 min. rezultatą išlygino Jurijus Kendyšas. O 83 minutę nuo Savos Radičiaus įskriejo į savus vartus. Bendras dviejų rungtynių rezultatas 2-1 reiškė, kad į kitą turnyro etapą pateko FK Žalgiris.
nežinomas
Shpëtim Duro[1]
Čempionai
Senoji emblema
Dabartinė emblema
Senad Jarović, puolėjas.[13]
Sava Radić, gynėjas.[15]
Vedran Kjosevski, vartininkas.[16]
Mentor Mazrekaj, saugas, vingeris.[17]