- この大会から一般枠が28に減枠され、東海が3から2、中国・四国が6から5となった。
- 希望枠の選出方法が変更された。比較項目が被塁打数、与残塁＋失点、失点から被塁打数、与四死球、失点、失策の4項目となり消去法からポイント制に、対象となる試合も明治神宮大会を除く直近5試合から4試合となった。
- 甲子園球場に球速が表示されるようになった。
- 東海大山形が山形県勢では春夏通じて初となる、準々決勝進出を決めた。これにより全47都道府県の代表が春夏どちらかでベスト8以上に進出経験があることとなった。
- 前年夏の大会から登録可能選手数が18人となっていたが、選抜大会において18人登録になったのはこの大会から。
- この大会から準々決勝戦が選手の健康負担を考慮し、前大会までの1日4試合一括開催から変更して、1日2試合ずつ2日間の日程で開催されるようになった。ただし雨天順延が準々決勝戦までに2日以上続いた場合は、従来の1日4試合一括開催に変更される。
- 決勝戦当日の4月4日は、午前中までの雨天により試合開始時間が大幅に遅れ、夕刻の16時44分に試合が開始され、決勝戦では高校野球全国大会において史上初のナイター試合となった[1]。
- 優勝した済美監督の上甲正典は1988年（第60回）の宇和島東以来二度目の初出場・初優勝監督となった。
- 2004年（平成16年）
- 1月30日 - 出場32校が決定。
- 3月15日 - 組み合わせ抽選会。
- 3月23日 - 開会式。
- 4月4日 - 決勝戦。閉会式。
| 1回戦 | | 2回戦 | | 準々決勝 | | 準決勝 |
| | | | | | | | | | | | | | |
| 3月23日（1） | | | | | | | | |
|
| 愛工大名電 | 5 |
| 3月28日（2） |
| 立命館宇治 | 4
| |
| 愛工大名電 | 9 |
| 3月23日（2） |
| | 岡山城東 | 2
| |
| 作新学院 | 0 |
| | 4月1日（1） |
| 岡山城東 | 3
| |
| 愛工大名電 | 7 |
| 3月23日（3） |
| | 秋田商 | 1
| |
| 甲府工 | 3 |
| 3月28日（3） | |
| 日南学園 | 2
| |
| 甲府工 | 0 |
| 3月24日（1） |
| | 秋田商 | 3
| |
| 秋田商 | 10 |
| | 4月3日（1） |
| 鳴門工 | 0
| |
| 愛工大名電 | 3 |
| 3月24日（2） |
| | 社 | 2
|
| 福岡工大城東 | 5 |
| 3月29日（1） | |
| 斑鳩 | 0
| |
| 福岡工大城東 | 6x |
| 3月24日（3） |
| | 拓大紅陵 | 4
| |
| 一関一 | 0 |
| | 4月1日（2）：延長11回 |
| 拓大紅陵 | 6
| |
| 福岡工大城東 | 7 |
| 3月25日（1） |
| | 社 | 9
| |
| 鵡川 | 6 |
| 3月29日（2）：延長14回 | |
| 八幡浜 | 3
| |
| 鵡川 | 1 |
| 3月25日（2） |
| | 社 | 2
| |
| 社 | 5 |
| |
| 福井 | 1
| |
|
| 1回戦 | | 2回戦 | | 準々決勝 | | 準決勝 |
| | | | | | | | | | | | | | |
| 3月25日（3） | | | | | | | | |
|
| 東邦 | 9 |
| 3月29日（3） |
| 広陵 | 1
| |
| 東邦 | 0 |
| 3月26日（1） |
| | 済美 | 1
| |
| 済美 | 9 |
| | 4月2日（1） |
| 土浦湖北 | 0
| |
| 済美 | 7x |
| 3月26日（2） |
| | 東北 | 6
| |
| 東北 | 2 |
| 3月30日（1） | |
| 熊本工 | 0
| |
| 東北 | 3 |
| 3月26日（3） |
| | 大阪桐蔭 | 2
| |
| 二松学舎大付 | 0 |
| | 4月3日（2） |
| 大阪桐蔭 | 5
| |
| 済美 | 7 |
| 3月27日（1） |
| | 明徳義塾 | 6
|
| 明徳義塾 | 10 |
| 3月30日（2） | |
| 桐生第一 | 0
| |
| 明徳義塾 | 4 |
| 3月27日（2） |
| | 八幡商 | 2
| |
| 八幡商 | 4x |
| | 4月2日（2） |
| 常葉菊川 | 3
| |
| 明徳義塾 | 11 |
| 3月27日（3） |
| | 東海大山形 | 6
| |
| 佐賀商 | 6 |
| 3月31日 | |
| 金沢 | 8
| |
| 金沢 | 1 |
| 3月28日（1） |
| | 東海大山形 | 6
| |
| 報徳学園 | 2 |
| |
| 東海大山形 | 3
| |
|
4月4日（試合開始：16時44分）
| |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
R |
H |
E |
|---|
| 済美
| 1 |
2 |
1 |
0 |
0 |
0 |
2 |
0 |
0 |
6 |
8 |
1 |
| 愛工大名電
| 0 |
0 |
3 |
0 |
0 |
0 |
0 |
2 |
0 |
5 |
7 |
2 |
- （済）：福井 - 西田
- （愛）：齊賀、江上、丸山 - 長尾
- 審判
［球審］赤井
［塁審］桂（一）、窪田（二）、三宅（三）
［外審］藤野（左）、日野（右） - 試合時間：2時間43分
| 済美 |
|---|
| 打順 | 守備 | 選手
|
|---|
| 1 | [右] | 甘井謙吾（3年） |
| 2 | [一] | 小松紘之（3年） |
| 3 | [中] | 高橋勇丞（3年） |
| 4 | [左] | 鵜久森淳志（3年） |
| 5 | [捕] | 西田佳弘（2年） |
| 6 | [二] | 野間源生（3年） |
| 7 | [三] | 田坂僚馬（3年） |
| 8 | [遊] | 新立和也（3年） |
| 9 | [投] | 福井優也（2年） |
|
| 愛工大名電 |
|---|
| 打順 | 守備 | 選手
|
|---|
| 1 | [左] | 青山直史（3年） |
| 2 | [三] | 柴田亮輔（2年） |
| 3 | [二] | 梶田京太（3年） |
| 4 | [一] | 松井啓（3年） |
| 5 | [右] | 池田樹哉（3年） |
| 6 | [中] | 佐々木孝徳（2年） |
| 7 | [遊] | 鈴木啓友（3年） |
| 8 | [捕] | 長尾歓樹（3年） |
| 9 | [投] | 齊賀洋平（2年） |
| 投 | 江上達也（3年） |
| 投 | 丸山貴史（3年） |
|
- 1回戦
- 第1号：井上結貴（日南学園）
- 第2号：鵜久森淳志（済美）
- 第3号：平田良介（大阪桐蔭）
- 第4号：飯田尚樹（佐賀商）
- 第5号：土谷尚鋭（東海大山形）
- 第6号：林勝人（東海大山形）
- 2回戦
- 第7号：佐々木孝徳（愛工大名電）
- 第8号：吉田良（秋田商）
- 第9号：佐藤雄大（拓大紅陵）
- 第10号：藤沢裕志（福岡工大城東）
- 第11号：中村桂司（大阪桐蔭）
- 第12号：中村桂司（大阪桐蔭）
- 第13号：横田崇幸（東北）
- 第14号：久保田健仁（明徳義塾）
- 準々決勝
- 第15号：梶田京太（愛工大名電）
- 第16号：鈴木啓友（愛工大名電）
- 第17号：山下佳志朗（福岡工大城東）
- 第18号：田口健人（福岡工大城東）
- 第19号：大沼尚平（東北）
- 第20号：鵜久森淳志（済美）
- 第21号：高橋勇丞（済美）
- 第22号：梅田大喜（明徳義塾）
- 第23号：野村太一（明徳義塾）
いずれも今大会終了時点における記録
| 記録 |
選手名 |
対戦校 |
補足
|
| ノーヒットノーラン |
ダルビッシュ有（東北） |
1回戦・熊本工 |
大会史上12人目
|
| 1試合最多本塁打 |
2 |
中村桂司（大阪桐蔭） |
2回戦・東北 |
大会タイ記録（15人目）
|
| 記録 |
校名 |
対戦校 |
補足
|
| 1試合最多犠打 |
10 |
愛工大名電 |
1回戦・立命館宇治 |
大会新記録
|
| 最優秀賞 |
八幡浜
|
| 優秀賞 |
一関一
|
| 常葉菊川
|
| 八幡商
|
| 大阪桐蔭
|
| 社
|
- 1回戦の八幡商-常葉菊川戦は、八幡商が1-0とリードした9回表に常葉菊川が3点を奪い逆転。しかし八幡商は9回裏2点を取って3-3の同点に追いつき、なお2死満塁と逆転サヨナラ勝ちの好機を迎えていた。ここで4番の種村将郁が右前にサヨナラ適時打を放って4-3と逆転サヨナラ勝ちを収めた。ところが、1塁走者の伊藤巧が2塁ベースを踏まずに、試合後の整列に並んだ。もし常葉菊川側から2塁に転送されアピールされれば、伊藤は2塁封殺、種村の記録は右ゴロで3死となって延長戦に入るところだったが、常葉菊川選手全員整列してしまったことでアピール権は消滅し、八幡商の逆転サヨナラ勝ちが成立した。常葉菊川の磯部修三監督は、「まったく気がついてなかった。ミスと言えばミス。敗因はすべて私です」と談話を残した[2]。
