Nella stagione 1989-1990, per il primo campionato della storia spallina in quarta serie, vi è una ventata di rinnovamento. La società passa al gruppo ferrarese guidato da Albersano Ravani, industriale dell'acciaio, la squadra viene affidata all'allenatore Luciano Magistrelli e rifatta completamente. Dopo tanti anni torna il difensore Franco Fabbri, il giovane Michele Paramatti rientra dal prestito e in attacco arrivano Roberto Labardi, Adriano Mosele e Francesco Libro. Restano in squadra Beppe Brescia e Giorgio Magnocavallo.
Dopo una buona partenza in campionato, cui fanno seguito risultati molto inferiori alle attese, Magistrelli viene esonerato e sostituito da Nello Santin. Il cambio non sortisce effetti e la squadra chiude il campionato a centroclassifica. Vengono aggregati alla prima squadra diversi giovani di prospettiva delle giovanili Vigorelli, Stradaroli, Tosello, Mamini, Ferrari, oltre Cristian Servidei ed Emanuele Tresoldi, destinati ad una bella carriera. Nella Coppa Italia di Serie C la SPAL disputa e vince il girone E di qualificazione a sette squadre, poi nei sedicesimi di finale cede nel doppio confronto con il Venezia che accede agli ottavi di finale.