Jones fu scelto nel quinto giro del draft 1986 dai Pittsburgh Steelers. Cinque giorni dopo essere stato selezionato subì un incidente d'auto che lo infortunò al collo. Gli Steelers lo tennero nel loro roster per il primo mese di stagione regolare, non rinnovandogli il contratto la stagione successiva e permettendogli di firmare coi 49ers per giocare come riserva[1]. Jones divenne titolare nella stagione 1989, dopo il ritiro di John Frank. Con Niners Jones vinse tre titoli, nel 1989, 1990 e 1994[2]. Fu convocato per quattro Pro Bowl e inserito tre volte nella formazione ideale della stagione All-Pro. Si ritirò dopo la stagione 1997.