Prima dell'inizio del campionato 2002-2003 la società è nuovamente coinvolta in una gravissima crisi che porta il Legnano ad un passo dalla scomparsa dal panorama calcistico italiano. Il motivo risiede nel mancato arrivo di un nuovo compratore: nell'estate falliscono molti tentativi di acquisto e ciò fa rischiare al Legnano l'iscrizione al campionato di Serie C2. La situazione è risolta all'ultimo momento grazie all'intermediazione di Maurizio Cozzi, sindaco di Legnano, che porta all'acquisto della società da parte di Antonio di Bari, già direttore generale dei Lilla.
Date le menzionate vicissitudini societarie, il calciomercato viene predisposto in un tempo molto breve. Sono acquistati il portiere Enrico Maria Malatesta, i difensori Davide Corti, Flavio Chiti, Denis Zanardo e Marco Franceschetti e i centrocampisti Diuk Ronny Toma e Julien Brellier. Tra le partenze, c'è quella del centrocampista Alberto Gruttadauria.
Nella stagione 2002-2003 il Legnano disputa il girone A del campionato di Serie C2, piazzandosi in ottava posizione di classifica con 47 punti, a 6 lunghezze dalla zona play-off e a 8 punti da quella play-out. Il torneo viene vinto con 70 punti dal Pavia, che ottiene la promozione diretta in Serie C1, mentre la seconda promossa è il Novara, che si aggiudica i playoff. Dopo un buon inizio di campionato, il Legnano conosce una fase di forte involuzione che porta all'esonero di Ernestino Ramella. Il suo successore, Angelo Gregucci, riesce a far risalire la squadra in zone di classifica più tranquille accarezzando anche il sogno di raggiungere i playoff. Per far fronte alla scarsa vena realizzativa degli attaccanti, a gennaio viene acquistato Alessandro Zirilli. Invece, in Coppa Italia Serie C, il Legnano giunge secondo nel girone A, risultato che non è sufficiente per passare il turno.
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