La stagione 2006 della F3000 International Masters fu disputata su 15 gare, due per ognuno dei primi 6 weekend di gara e tre nell'ultimo. La serie vide la partecipazione di 30 piloti e 11 team. S'impose Jan Charouz del Charouz Racing System.
Il campionato, alla sua prima edizione come F3000 International Masters, aveva le fondamenta nella 3000 Pro Series, serie italiana ideata la stagione precedente e organizzata dalla Peroni Promotion. Successivamente la MTC Organisation prese le redini del campionato, rendendo questo la serie di supporto del WTCC.
Il calendario venne pubblicato nel gennaio 2006, in occasione della presentazione del campionato.[1] Questo risultava differente rispetto a quello definitivo pubblicato in basso: comprendeva una tappa extra europea a Curitiba mentre la chiusura era in programma a Valencia.
L'appuntamento brasiliano, inserito come provvisorio, saltò subito e di fatto subentrò l'Estoril, essendo stato questo indicato come riserva. Successivamente la data di Valencia, in programma nel fine settimana del 7-8 ottobre, venne cancellata per problemi organizzativi e sostituita con altre due gare da correre sempre all'Estoril.[2]
La sessione di qualifica determinava la griglia soltanto per la prima gara, mentre in Gara 2 lo schieramento di partenza era dato dall'ordine d'arrivo di Gara 1 con le prime otto posizioni invertite.