Vladimir Šujster 1980-ban kezdte pályafutását az RK Rudar csapatában.[2] 1988-ban mutatkozott be a felnőttek között. 1993-ban a Medveščak Zagreb, majd két szezont követően a Karlovačka Pivovara játékosa lett.[2] 1996-ban szerződtette az RK Zagreb, amely csapattal horvát bajnoki címet és kupagyőzelmet szerzett. 1997-ben és 1998-ban bejutott a zágrábiakkal a Bajnokok Ligája döntőjébe, de mindkétszer elvesztették azt. 1997 nyarától két idényt az RK Zametben töltött, majd visszatért a Rudarhoz ahol 2008-ban befejezte pályafutását.[2]