בנובמבר 2001, הוציאה ספירס את אלבומה השלישי Britney, שייצג נושאים מבוגרים ופרובוקטיביים יותר וכך גם הסינגל הראשי "I'm a Slave 4 U". האלבום מכר בארבעה מיליון עותקים בארצות הברית; אף על פי כן, הדבר נתפס כ"ממכר גרוע" בהשוואה לאלבומיה הקודמים.[4][5] בשנה שלאחר מכן, החלו לצוץ שמועות שמערכת היחסים שלה עם הזמרג'סטין טימברלייק הסתיימה לאחר שלוש שנות זוגיות.[6] לאחר סיום סבב ההופעות Dream Within a Dream Tour, ביולי 2002, הודיעה ספירס שתיקח הפסקה מהקריירה שלה למשך חצי שנה. בנובמבר 2002 היא חשפה שהחלה לעבוד על אלבום האולפן הבא שלה. היא הסבירה, "טוב, למעשה, רק אמרתי שאני רוצה שבועיים-שלושה חופש. [....] וכל העולם היה כמו, 'אומיגוד, [כך] היא איננה..."[7]
אלבומה הפרובוקטיבי ביותר של ספירס, In the Zone, היה גם לאלבום המגוון והאמנותי ביותר אשר הוציאה לאור, וכלל מפיקים כמו אר קלי, בלודשי ואוונט, מובי ועוד. לאחר יציאת האלבום, התרכזו המבקרים בעיקר בתוכן השירים "Breathe on Me" ו-"Touch of My Hand" אשר שניהם בעלי אופי מיני.
האלבום קיבל ביקורות חלשות בעיקרו. Stylus Magazine נתנו לאלבום ציון D, וכתבו "האלבום סובל מהניסיון של ספירס להפוך מילדת פופ לאשה בוגרת. אם ספירס הייתה אחראית לקריירה שלה, אולי היא הייתה יכולה ליצור משהו מוזיקלי". לעומת זאת, The Guardian, נתנו לאלבום ציון 4 מתוך חמישה כוכבים, וכתבו "לא כמו באלבומים הראשונים, בIn the Zone אין שירים 'סתמיים' שנועדו למלא מקום. האלבום הוא 50 דקות של להיטי פופ טראשים המכילים אלמנטים של היפ הופ ורית'ם אנד בלוז".
האלבום הנפיק את הלהיט "Toxic" אשר נכנס לעשרת המובילים במצעד הבילבורד בארצות הברית, וזיכה את ספירס בפרס גראמי הראשון שלה בקטגוריית "Best Dance Recording".
In the Zone נכנס אל המקום הראשון במצעד המכירות האמריקאי בשל מכירות של יותר מ-609,000 עותקים בשבוע הראשון ליציאת האלבום. לאחר שחרור הסינגל "Toxic" מכירות האלבום עלו שוב. עד היום מכר האלבום יותר מ-3,000,000 מיליון עותקים בארצות הברית. בזכות אלבום זה שברה ספירס את שיאה האישי כשהצליחה להיכנס בפעם הרביעית ברציפות למקום הראשון במצעד הבילבורד האמריקאי. בקנדה נכנס האלבום אל המקום הראשון וקיבל מעמד של אלבום פלטינה משולשת. בצרפת נכנס אל המקום הראשון גם כן, ומכר 225,000 עותקים[8] והפך לאלבום מעמד זהב כפול. באפריל2004 קיבל האלבום מעמד פלטינה באירופה לאור מכירות של יותר מ-1,000,000 עותקים. האלבום הגיע לעשרות המובילים ב-14 מצעדים בעולם ונמכר כיום על סך של יותר מ-10,000,000 מיליון עותקים.
ב-2 במרץ2004 יצאה ספירס לסיבוב הופעות הרביעי, ששמו The Onyx Hotel Tour שנושא את שם האלבום In the Zone. בסיבוב ההופעות ביצעה ספירס כ-54 הופעות, 29 באירופה, 25 בצפון אמריקה והצליח להשיג כ-63.5 מיליון דולר.
"Me Against the Music" הוא הסינגל הראשון מתוך "In the Zone". בתחילה, בריטני התכוונה להוציא את הסינגל בגרסת סולו, אך בחזרות למופע בטקס פרסי הווידאו של ערוץ MTV, השמיעה ספירס למדונה את השיר, אשר מיד התלהבה והציעה להשתתף בשיר-מה שהתברר כהצלחה. הסינגל הפך לסינגל המצליח של ספירס בארצות הברית מאז "I'm a Slave 4 U". בבריטניה הגיע הסינגל למקום השני במצעד הפזמונים ונכנס לחמשת המובילים במדינות נוספות באירופה ובאוסטרליה.
"Toxic", הופק על ידי הצמד השוודי "בלודשי & אוונט" ונכתב על ידי קאת'י דניס היה לסינגל השני. השיר המלווה בקליפ "עתידי" אשר בוים על ידי ג'וסף קהן, מכר יותר מ-200,000 עותקים בבריטניה והפך ללהיט ענק באירופה ואוסטרליה. "Toxic" הפך ללהיט הגדול ביותר של ספירס ברחבי העולם מאז "Oops!... I Did It Again". בארצות הברית, נכנס הסינגל למקום ה-9 ושהה שם כ־20 שבועות סך הכול. בבריטניה הצליח הסינגל להיכנס לפסגה והפך לסינגל הרביעי שלה לכבוש את המצעד.
"Everytime", בלדתפסנתר הנכתבה על ידי ספירס עצמה, הייתה הסינגל השלישי מתוך "In the Zone". הסינגל יצא בזמן שסיבוב ההופעות "The Onyx Hotel Tour" הגיע לבריטניה, מה שגרם לסינגל להגיע למקום הראשון במצעד הבריטי. גם באוסטרליה הגיע הסינגל לפסגה ובארצות הברית למקום ה-15. שמועות רבות טענו שהשיר הוא שיר "תשובה" ל-"Cry Me a River" של האקס, ג'סטין טימברלייק.
"Outrageous", נכתב והופק על ידי אר קלי, תוכנן להיות הסינגל הרביעי. בזמן צילומי הקליפ לשיר, נפגעה ספירס בברכה, מה שגרם לאי-קידום הסינגל. הסינגל לא קודם אך יצא בארצות הברית, שם הוא הגיע למקום ה-79 וביפן.
"Breath On Me" סינגלים שהיו מתוכננים לצאת אחרי Outrageous, היו השירים Touch Of My Hand, Breath On Me ו-Early Mornin' אך בוטלו עקב פציעתה של ספירס, לבסוף "Breath On Me" יצא כסינגל פרומו בלבד.
^"Chris Cox Megamix" מורכב מ-"...Baby One More Time", "(You Drive Me) Crazy", "I'm a Slave 4 U", "Oops!... I Did It Again", "Stronger", "Everytime" ו-"Toxic".