Secuencia escorregante
Unha secuencia escorregante ou deslizante é unha pequena sección da secuencia de nucleótidos dos codóns (xeralmente UUUAAAC) que controla a taxa e oportunidade do cambio da pauta de lectura ribosómica. Unha secuencia escorregante causa unha transferencia ribosómica máis rápida, que á súa vez pode causar que o ribosoma que está lendo "escorregue." Isto permite que un ARNt se salte unha base (−1) unha vez qaue se apareou co seu anticodón, cambiando o marco de lectura.[2][3][4][5][6] Un cambio de pauta de lectura −1 causado por unha secuencia como esta é un cambio de pauta de lectura ribosómico −1 programado. A continuación hai unha rexión espazadora e unha estrutura secundaria do ARN. Tales secuencias son comúns en poliproteínas de virus.[1]
O cambio de pauta de lectura ocorre debido ao apareamento cambaleante. A enerxía libre de Gibbs das estruturas secundarias augas abaixo dan unha pista de como ocorre o cambio de pauta de lectura.[7] A tensión na molécula de ARNm tamén desempeña un papel.[8] Unha lista de secuencias escorregantes atopada en virus animais pode consultarse no traballo de Huang et al.[9]
Construíronse secuencias escorregantes que causan un escorregamento de dúas bases (cambio de pauta de lectura −2) a partir da secuencia do virus da inmunodeficiencia humana UUUUUUA.[8]
No coronavirus SARSr-CoV a secuencia escorregante UUUAAAC e un pseudonó do ARN no ORF1 permiten a formación da poliproteína pp1ab por un cambio da pauta de lectura ribosómica -1.[10]
Notas
[editar | editar a fonte]- ↑ 1,0 1,1 Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (November 1988). "Signals for ribosomal frameshifting in the Rous sarcoma virus gag-pol region". Cell 55 (3): 447–58. PMID 2846182. doi:10.1016/0092-8674(88)90031-1.
- ↑ Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (January 2008). "Characterization of the mechanical unfolding of RNA pseudoknots". Journal of Molecular Biology 375 (2): 511–28. PMID 18021801. doi:10.1016/j.jmb.2007.05.058.
- ↑ Yu CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (December 2010). "Stimulation of ribosomal frameshifting by antisense LNA". Nucleic Acids Research 38 (22): 8277–83. PMC 3001050. PMID 20693527. doi:10.1093/nar/gkq650.
- ↑ "Dr Ian Brierley Research description". Department of Pathology, University of Cambridge. Arquivado dende o orixinal o 02 de outubro de 2013. Consultado o 2013-07-28.
- ↑ "Molecular Biology: Frameshifting occurs at slippery sequences". Molecularstudy.blogspot.com. 2012-10-16. Consultado o 2013-07-28.
- ↑ Farabaugh PJ, Björk GR (March 1999). "How translational accuracy influences reading frame maintenance". The EMBO Journal 18 (6): 1427–34. PMC 1171232. PMID 10075915. doi:10.1093/emboj/18.6.1427.
- ↑ Cao S, Chen SJ (March 2008). "Predicting ribosomal frameshifting efficiency". Physical Biology 5 (1): 016002. Bibcode:2008PhBio...5a6002C. PMC 2442619. PMID 18367782. doi:10.1088/1478-3975/5/1/016002.
- ↑ 8,0 8,1 Lin Z, Gilbert RJ, Brierley I (September 2012). "Spacer-length dependence of programmed -1 or -2 ribosomal frameshifting on a U6A heptamer supports a role for messenger RNA (mRNA) tension in frameshifting". Nucleic Acids Research 40 (17): 8674–89. PMC 3458567. PMID 22743270. doi:10.1093/nar/gks629.
- ↑ Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). "A genome-wide analysis of RNA pseudoknots that stimulate efficient -1 ribosomal frameshifting or readthrough in animal viruses". BioMed Research International 2013: 984028. PMC 3835772. PMID 24298557. doi:10.1155/2013/984028.
- ↑ Masters PS (2006-01-01). "The molecular biology of coronaviruses". Advances in Virus Research (Academic Press) 66: 193–292. ISBN 9780120398690. PMID 16877062. doi:10.1016/S0065-3527(06)66005-3.
Ver Figura 8.
Véxase tamén
[editar | editar a fonte]Outros artigos
[editar | editar a fonte]- Estrutura terciaria dos ácidos nucleicos
- Marco de lectura aberto
- Cambio de pauta de lectura ribosómica ou traducional
- Elemento transpoñible
Véxase twamén
[editar | editar a fonte]Ligazóns externas
[editar | editar a fonte]- Pseudobase
- Recode Arquivado 01 de febreiro de 2021 en Wayback Machine.
- Frameshifting, Ribosomal Medical Subject Headings (MeSH) na Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA.
- Wise2 - alinea unha proteína contra unha secuencia de ADN permitindo o cambio da pauta de lectura e intróns
- FastY - base de datos que compara secuencias de ADN e secuencias de proteína, permitindo ocos e cambios de pauta de lectura
- Path Arquivado 19 de xullo de 2011 en Wayback Machine. - ferramenta que compara dúas proteínas con cambios de pauta de lectura (principio da tradución cara atrás)
- Recode2 Arquivado 01 de febreiro de 2021 en Wayback Machine. - Base de datos de xenes rexistrados, incluíndo os que requiren un cambio de lectura traducional programada.
- Páxina para o Coronavirus frameshifting stimulation element en Rfam
