As edicións australiana e coreana do álbum veñen cun DVD adicional que contén os vídeos musicais de "The Beautiful People", "The Dope Show" e "Sweet Dreams".
Este álbum conta cunha canción oculta reproducible só nun ordenador; é experimental e non ten título, e xoga aínda máis co tema do álbum da personaxe de Omēga e a conformidade. Tras meter o disco nun ordenador iniciase un arquivo autoexecutable que lanza un programa que amosa dúas pinturas de Manson mentres a canción soa de fondo.
Cando foi publicado en vinilo o álbum foi separado en dous discos; o primeiro acreditado ao personaxe de Alpha (representado polo propio Marilyn Manson), impreso en vinilo branco opaco, e o segundo acreditado a Omēga and the Mechanical Animals en vinilo azul transparente. O álbum de Manson ten canción de amor e alienación, mentres que o de Mechanical Animals contén temas de sexo e uso de drogas. A edición en vinilo foi reeditada en 2012, pero en vinilo negro.
A lonxitude dos temas difire da versión en CD xa que os cortes non están fundidos e aparecen en toda a súa extensión con espazos de entre 1 e 2 segundos entre eles. Ademais, a intro de "I Want To Disappear" aparece como os 15 últimos segundos de "Posthuman" no CD, mentres que no vinilo aparece como parte de "I Want To Disappear".