Marcador de secuencia expresada
Un marcador de secuencia expresada ou EST (sigla do inglés Expressed Sequence Tag) é unha curta subsecuencia dunha secuencia de ADNc. Os ESTs poden utilizarse para identificar xenes que se transcriben e no descubrimento de xenes, e para a determinación de secuencias.[1] A identificación dos EST progresou rapidamente nos últimos anos, e hai xa aproximadamente 72,6 millóns de ESTs dispoñibles nas bases de datos públicas (por exemplo GenBank, maio de 2011, de todas as especies).
Os EST son producidos por unha secuenciación dun ARNm clonado (por exemplo secuenciando varios centos de pares de bases dun extremo dun ADNc tomado dos clons dunha biblioteca de ADNc). A secuencia resultante é un fragmento de baixa calidade, xeralmente de 500 a 800 nucleótidos, que é a lonxitude de secuenciación dos secuenciadores automáticos máis habituais. Como eses clons consisten en ADN que é complementario do ARNm, os ESTs representan porcións de xenes expresados. Nas bases de datos pódese presentar tanto como secuencia de ADNc/ARNm ou complemento reverso de ARNm, a cadea molde.
Os EST poden asignarse a localizacións específicas no cromosoma utilizando técnicas de mapeo físico, tales como o mapeo híbrido por radiación ou a hibridación fluorescente in situ (FISH). Por outra parte, se o xenoma do organismo do cal se obtivo o EST foi secuenciado poden aliñarse as secuencias EST con este xenoma.
No estudo do xenoma humano sóubose da existencia de miles de xenes baseándose soamente en evidencias de EST. Neste sentido, os EST convértense nun instrumento para afinar as transcricións preditas deses xenes, o que leva á predición dos seus produtos proteicos, e finalmente, da súa función. Ademais, a situación na que se obteñen os EST (tecido, órgano, estado de enfermidade, como por exemplo, cancro) proporciona información sobre as condicións nas que o xene correspondente está actuando. Os EST conteñen suficiente información para permitir o deseño de sondas precisas para chips de ADN que logo se poden utilizar para determinar a expresión de xenes.
Algúns autores usan o termo "EST" para describir xenes dos que non se ten moita información.[2]
Unha revisión da importancia dos EST, as súas propiedades, métodos para analizalos e as súas aplicacións en distintas áreas da bioloxía analízanse no seguinte artigo:[3]
Notas
editar- ↑ Adams MD, Kelley JM, Gocayne JD, Dubnick M, Polymeropoulos MH, Xiao H, Merril CR, Wu A, Olde B, Moreno RF, et al. Complementary DNA sequencing: expressed sequence tags and human genome project. Science. 1991 Jun 21;252(5013):1651-6. PMID 2047873
- ↑ dbEST
- ↑ Nagaraj, Shivashankar H, Gasser, Robin B, and Ranganathan, Shoba. A hitchhiker's guide to expressed sequence tag (EST) analysis. Brief Bioinform 8 (2007 Jan): 6-21. artigo
Véxase tamén
editarLigazóns externas
editar- ESTs Factsheet do NCBI, introdución boa e fácil de ler sobre os ESTs.
- The NCBI Handbook, Part 3, Chapter 21 interesante visión xeral do tema.
- ECLAT servidor para a clasificación de ESTs dunha mestura.
- Número actual de EST en GenBank.
- Recursos web sobre os EST
- http://icb.med.cornell.edu/crt/tissueinfo/ TissueInfo project.