Если вы используете Composer не в корне проекта, то необходимо сконфигурировать директорию для установки модулей.

Например, если файл composer.json находится в директории /local/:

...
"extra": {
    "bitrix-dir": "../bitrix"
},
...

После этого необходимо выполнить команду composer require yngc0der/bitrix-cli, и выполнить регистрацию модуля в Bitrix через админку.

После установки создасться точка входа для консольных команд - bitrix/tools/cli.

Пакет позволяет использовать symfony/console в контексте Bitrix Framework. Создание команд детально описано в документации (https://symfony.com/doc/current/console.html)

Для получения короткой справки и списка доступных команд выполните в консоли php bitrix/tools/cli

Запустить нужную команду можно, выполнив php bitrix/tools/cli command args. Например, php bitrix/tools/cli orm:annotate -c -m main

Для регистрации собственной команды нужно подписаться на событие OnCommandsLoad модуля yngc0der.cli

\Bitrix\Main\EventManager::getInstance()->addEventHandler(
    'yngc0der.cli',
    'OnCommandsLoad',
    function (\Bitrix\Main\Event $event) {
        $result = new \Bitrix\Main\EventResult(
            \Bitrix\Main\EventResult::SUCCESS,
            [
                new \Bitrix\Main\Cli\OrmAnnotateCommand(),  // instance of Symfony\Component\Console\Command\Command
            ]
        );
        
        return $result;
    }
);