Solution sequence vs target sequence:
CGUGGUUAGGGCCACGUUAAAUAGUUGCUUAAGCCCUAAGCGUUGAU----AUCAGGUGCAA # solution
CGUGGUUAGGGCCACGUUAAAUAGUUGCUUAAGCCCUAAGCGUUGAUAAAUAUCAGGUGCAA # target seq
> 17_5k7c_solution_rpr A:1-47 52-62
CGUGGUUAGGGCCACGUUAAAUAGUUGCUUAAGCCCUAAGCGUUGAUAUCAGGUGCAA
> 17_Adamiak_1_rpr A:1-62
CGUGGUUAGGGCCACGUUAAAUAGUUGCUUAAGCCCUAAGCGUUGAUAAAUAUCAGGUGCAA
Added missing O2' (this is deoxyribonucleoside) to the solution.
head 17_5k7c_solution_rpr.pdb
HEADER Generated with rna-pdb-tools
HEADER ver ea5e310-dirty
HEADER https://github.com/mmagnus/rna-pdb-tools
HEADER Tue May 16 11:43:45 2017
REMARK 000 Fixed atoms/residues:
REMARK 000 - add O2' in chain: A <Residue G het= resseq=57 icode= > residue # 53
ATOM 1 P C A 1 -29.720 -19.750 3.190 1.00183.16 P
Edits:
for i in `ls *.pdb`; do rna_pdb_tools.py --get_rnapuzzle_ready $i > ${i/.pdb/_rpr.pdb}; done
rna_calc_rmsd.py -t 17_5k7c_solution_rpr.pdb --target-selection A:1-47 52-62 --model-selection A:1-47 52-62 *.pdb -pr -sr
# method: all-atom-built-in
# of models: 108
# of atoms used: 1238
fn rmsd_all
0 17_5k7c_solution_rpr.pdb 0.00
89 17_SimRNAAS2_1_rpr.pdb 5.16
30 17_Das_4_rpr.pdb 7.15
95 17_SimRNAAS2_7_rpr.pdb 7.66
27 17_Das_1_rpr.pdb 8.64
34 17_Das_8_rpr.pdb 8.70
35 17_Das_9_rpr.pdb 8.78
18 17_Chen_5_rpr.pdb 9.44
10 17_Bujnicki_7_rpr.pdb 10.85
33 17_Das_7_rpr.pdb 10.95
24 17_DasExtraInfo_1_rpr.pdb 11.02
28 17_Das_2_rpr.pdb 11.27
32 17_Das_6_rpr.pdb 11.52
15 17_Chen_2_rpr.pdb 11.62
2 17_Adamiak_2_rpr.pdb 11.79
72 17_RNAComposerAS2_3_rpr.pdb 11.92
71 17_RNAComposerAS2_2_rpr.pdb 12.01
25 17_DasExtraInfo_2_rpr.pdb 12.07
94 17_SimRNAAS2_6_rpr.pdb 12.20
11 17_Bujnicki_8_rpr.pdb 12.22
70 17_RNAComposerAS2_1_rpr.pdb 12.31
1 17_Adamiak_1_rpr.pdb 12.33
3 17_Adamiak_3_rpr.pdb 12.38
74 17_RNAComposerAS2_5_rpr.pdb 12.56
96 17_SimRNAAS2_8_rpr.pdb 12.76
75 17_RNAComposerAS2_6_rpr.pdb 12.79
76 17_RNAComposerAS2_7_rpr.pdb 12.83
43 17_Ding_7_rpr.pdb 12.86
26 17_DasExtraInfo_3_rpr.pdb 13.22
46 17_Ding_10_rpr.pdb 13.39
59 17_Major_10_rpr.pdb 13.40
77 17_RNAComposerAS2_8_rpr.pdb 13.51
73 17_RNAComposerAS2_4_rpr.pdb 13.52
104 17_Xiao_7_rpr.pdb 13.84
8 17_Bujnicki_5_rpr.pdb 13.95
12 17_Bujnicki_9_rpr.pdb 13.97
4 17_Bujnicki_1_rpr.pdb 13.97
106 17_Xiao_9_rpr.pdb 14.10
97 17_SimRNAAS2_9_rpr.pdb 14.28
9 17_Bujnicki_6_rpr.pdb 14.35
13 17_Bujnicki_10_rpr.pdb 14.40
5 17_Bujnicki_2_rpr.pdb 14.40
39 17_Ding_3_rpr.pdb 14.53
102 17_Xiao_5_rpr.pdb 14.54
6 17_Bujnicki_3_rpr.pdb 14.64
19 17_Chen_6_rpr.pdb 14.75
44 17_Ding_8_rpr.pdb 14.81
29 17_Das_3_rpr.pdb 14.90
55 17_Major_6_rpr.pdb 14.94
98 17_Xiao_1_rpr.pdb 15.01
49 17_Dohkolyan_3_rpr.pdb 15.02
37 17_Ding_1_rpr.pdb 15.02
92 17_SimRNAAS2_4_rpr.pdb 15.07
17 17_Chen_4_rpr.pdb 15.14
85 17_SimRNAAS1_6_rpr.pdb 15.17
31 17_Das_5_rpr.pdb 15.38
100 17_Xiao_3_rpr.pdb 15.50
107 17_Xiao_10_rpr.pdb 15.52
22 17_Chen_9_rpr.pdb 15.59
91 17_SimRNAAS2_3_rpr.pdb 15.59
79 17_RNAComposerAS2_10_rpr.pdb 15.59
80 17_SimRNAAS1_1_rpr.pdb 15.62
40 17_Ding_4_rpr.pdb 15.74
105 17_Xiao_8_rpr.pdb 15.93
41 17_Ding_5_rpr.pdb 16.01
7 17_Bujnicki_4_rpr.pdb 16.08
38 17_Ding_2_rpr.pdb 16.09
90 17_SimRNAAS2_2_rpr.pdb 16.10
78 17_RNAComposerAS2_9_rpr.pdb 16.10
14 17_Chen_1_rpr.pdb 16.11
48 17_Dohkolyan_2_rpr.pdb 16.27
56 17_Major_7_rpr.pdb 16.47
20 17_Chen_7_rpr.pdb 16.50
99 17_Xiao_2_rpr.pdb 16.55
58 17_Major_9_rpr.pdb 16.59
87 17_SimRNAAS1_8_rpr.pdb 16.59
81 17_SimRNAAS1_2_rpr.pdb 16.60
21 17_Chen_8_rpr.pdb 16.61
57 17_Major_8_rpr.pdb 16.69
45 17_Ding_9_rpr.pdb 16.74
83 17_SimRNAAS1_4_rpr.pdb 16.82
50 17_Major_1_rpr.pdb 16.85
42 17_Ding_6_rpr.pdb 16.94
82 17_SimRNAAS1_3_rpr.pdb 16.97
84 17_SimRNAAS1_5_rpr.pdb 17.05
52 17_Major_3_rpr.pdb 17.05
103 17_Xiao_6_rpr.pdb 17.26
16 17_Chen_3_rpr.pdb 17.35
101 17_Xiao_4_rpr.pdb 17.42
36 17_Das_10_rpr.pdb 17.43
67 17_RNAComposerAS1_8_rpr.pdb 17.60
62 17_RNAComposerAS1_3_rpr.pdb 17.95
51 17_Major_2_rpr.pdb 18.05
69 17_RNAComposerAS1_10_rpr.pdb 18.45
54 17_Major_5_rpr.pdb 18.46
93 17_SimRNAAS2_5_rpr.pdb 18.58
53 17_Major_4_rpr.pdb 18.67
60 17_RNAComposerAS1_1_rpr.pdb 18.78
65 17_RNAComposerAS1_6_rpr.pdb 18.91
23 17_Chen_10_rpr.pdb 18.99
86 17_SimRNAAS1_7_rpr.pdb 19.07
68 17_RNAComposerAS1_9_rpr.pdb 19.67
64 17_RNAComposerAS1_5_rpr.pdb 20.03
63 17_RNAComposerAS1_4_rpr.pdb 20.06
88 17_SimRNAAS1_9_rpr.pdb 20.54
66 17_RNAComposerAS1_7_rpr.pdb 20.65
61 17_RNAComposerAS1_2_rpr.pdb 21.58
47 17_Dohkolyan_1_rpr.pdb 21.78
csv was created! rmsds.csv
for i in *pdb; do rna_pdb_toolsx.py --delete A:48-51 $i > clarna/$i ; done
rna_calc_inf.py -t 17_solution_0_rpr.pdb clarna/*.pdb --sort-results
100% (108 of 108) |##########################################################################################################################################################################################################| Elapsed Time: 0:00:25 ETA: 00:00:00
csv was created! inf.csv
(py37) [mx] rp17$ git:(master) ✗ csv inf.csv
target fn inf_all inf_stack inf_WC inf_nWC sns_WC ppv_WC sns_nWC ppv_nWC
17_solution_0_rpr.pdb 17_solution_0_rpr.pdb 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0
17_solution_0_rpr.pdb 17_Das_1_rpr.pdb 0.81 0.83 0.92 0.41 0.94 0.9 0.33 0.5
17_solution_0_rpr.pdb 17_Chen_2_rpr.pdb 0.77 0.79 0.84 0.38 0.89 0.8 0.22 0.67
17_solution_0_rpr.pdb 17_DasExtraInfo_1_rpr.pdb 0.76 0.78 0.84 0.41 0.89 0.8 0.33 0.5
17_solution_0_rpr.pdb 17_Das_8_rpr.pdb 0.76 0.77 0.9 0.3 0.94 0.85 0.22 0.4
17_solution_0_rpr.pdb 17_Das_4_rpr.pdb 0.76 0.78 0.86 0.33 0.89 0.84 0.22 0.5
17_solution_0_rpr.pdb 17_DasExtraInfo_2_rpr.pdb 0.76 0.77 0.86 0.38 0.89 0.84 0.22 0.67
17_solution_0_rpr.pdb 17_SimRNAAS2_1_rpr.pdb 0.75 0.78 0.93 0.13 1.0 0.86 0.11 0.14
17_solution_0_rpr.pdb 17_Das_9_rpr.pdb 0.75 0.78 0.86 0.15 0.89 0.84 0.11 0.2
17_solution_0_rpr.pdb 17_Das_7_rpr.pdb 0.75 0.78 0.83 0.33 0.83 0.83 0.22 0.5
17_solution_0_rpr.pdb 17_Das_6_rpr.pdb 0.75 0.77 0.84 0.38 0.89 0.8 0.22 0.67
17_solution_0_rpr.pdb 17_Bujnicki_6_rpr.pdb 0.75 0.76 0.84 0.47 0.89 0.8 0.22 1.0
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17_solution_0_rpr.pdb 17_Das_5_rpr.pdb 0.74 0.77 0.84 0.17 0.89 0.8 0.11 0.25
17_solution_0_rpr.pdb 17_DasExtraInfo_3_rpr.pdb 0.74 0.77 0.84 0.24 0.89 0.8 0.11 0.5
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17_solution_0_rpr.pdb 17_Bujnicki_5_rpr.pdb 0.69 0.72 0.81 0.15 0.83 0.79 0.11 0.2
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17_solution_0_rpr.pdb 17_Ding_4_rpr.pdb 0.68 0.75 0.63 0.33 0.61 0.65 0.22 0.5
17_solution_0_rpr.pdb 17_Ding_5_rpr.pdb 0.68 0.74 0.67 0.19 0.67 0.67 0.11 0.33
17_solution_0_rpr.pdb 17_Chen_5_rpr.pdb 0.68 0.69 0.72 0.5 0.61 0.85 0.33 0.75
17_solution_0_rpr.pdb 17_SimRNAAS1_8_rpr.pdb 0.68 0.72 0.74 0.25 0.72 0.76 0.22 0.29
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17_solution_0_rpr.pdb 17_Ding_8_rpr.pdb 0.67 0.66 0.8 0.33 0.78 0.82 0.22 0.5
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