Pacote de uso interno do laboratório Nupgen DBC/Nupélia
Você pode instalar o pacote nupgen direto do Github usando:
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("brunomioto/nupgen")library(nupgen)
library(ape)
#carrega arquivo FASTA (que possui os nomes corretos)
seq <- ape::read.FASTA("sequencia_fasta.fas")
#carrega arquivo .nwk (que possui os nomes cortados)
tree <- ape::read.tree("arvore.nwk")
#Função para renomear tip labels da árvore
new_tree <- label_phy(seq, tree)
#Confere se os novos nomes estão certos
new_tree$tip.label
#Salva em um novo arquivo .nwk
ape::write.tree(new_tree, "nova_tree.nwk")As informações buscadas são:
- Código do GenBank
- Nome do organismo
- País de origem (pode conter mais informações)
- Latitude
- Longitude
- Gene
library(nupgen)
ayla <- info_genbank(organism = "Aylacostoma brunneum[Organism]")
ayla %>%
head()
#> # A tibble: 6 × 6
#> code organism country lat lon gene
#> <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <chr>
#> 1 KU168373 Aylacostoma brunneum Paraguay -27.4 -55.8 <NA>
#> 2 JQ236704 Aylacostoma brunneum Paraguay -27.4 -55.8 COI
#> 3 KU168375 Aylacostoma brunneum Paraguay -27.4 -55.8 <NA>
#> 4 JQ236705 Aylacostoma brunneum Paraguay -27.4 -55.8 COI
#> 5 KF918858 Aylacostoma brunneum Paraguay -27.4 -55.8 cytb
#> 6 JQ236703 Aylacostoma brunneum Paraguay -27.4 -55.8 COICopie os resultados do PTP e salve como um vetor (Só abrir aspas e colar todo o resultado)
vetor_ptp <- "# Max likilhood partition
Species 1 (support = 0.329)
MZ051026_Characidium_pellucidum_voucher_SU08-1290,MZ051108_Characidium_pellucidum_voucher_SU08-1290_4,MZ051140_Characidium_pellucidum_voucher_SU08-1290_3
Species 2 (support = 0.668)
MG936837_Characidium_marshi_voucher_stri-3611,MG936835_Characidium_marshi_voucher_stri-11821,MG936836_Characidium_marshi_voucher_stri-4069,MG936834_Characidium_marshi_voucher_stri-6730
Species 3 (support = 0.738)
KU288836_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_172-2,JX111702_Characidium_rachovii_voucher_UNMDP-T_0289,KU288852_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_172-3,KU288835_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_172-1,KU288853_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_172-4,KU288854_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_172-5,KU289033_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_309
Species 4 (support = 0.188)
MK464095_Characidium_zebra_isolate_JCB77,MK464130_Characidium_zebra_isolate_JCB286,MK464156_Characidium_zebra_isolate_JCB354,MK464155_Characidium_zebra_isolate_JCB352,MK464153_Characidium_zebra_isolate_JCB349,MK464093_Characidium_zebra_isolate_JCB70,MK464047_Characidium_fasciatum_isolate_CIUnB884_a,MK464134_Characidium_zebra_isolate_JCB298,MK464048_Characidium_fasciatum_isolate_CIUnB884_b,MK464137_Characidium_zebra_isolate_JCB311,MK464135_Characidium_zebra_isolate_JCB299,MK464092_Characidium_zebra_isolate_JCB69,MK464125_Characidium_zebra_isolate_JCB220,MK464040_Characidium_zebra_isolate_CIUnB846_2,MK464152_Characidium_zebra_isolate_JCB348,MK464138_Characidium_zebra_isolate_JCB315,MK464131_Characidium_zebra_isolate_JCB287,MK464126_Characidium_zebra_isolate_JCB221,MK464139_Characidium_zebra_isolate_JCB316,MK464154_Characidium_zebra_isolate_JCB351,MK464094_Characidium_zebra_isolate_JCB76,MK464039_Characidium_zebra_isolate_CIUnB846_1,MK464132_Characidium_zebra_isolate_JCB294,MK464133_Characidium_zebra_isolate_JCB297,MK464140_Characidium_zebra_isolate_JCB317
"Depois, utilize esse vetor dentro da função ptp_results()
ptp_results(vetor_ptp)
#> # A tibble: 39 × 2
#> label species
#> <chr> <chr>
#> 1 MZ051026_Characidium_pellucidum_voucher_SU08-1290 1
#> 2 MZ051108_Characidium_pellucidum_voucher_SU08-1290_4 1
#> 3 MZ051140_Characidium_pellucidum_voucher_SU08-1290_3 1
#> 4 MG936837_Characidium_marshi_voucher_stri-3611 2
#> 5 MG936835_Characidium_marshi_voucher_stri-11821 2
#> 6 MG936836_Characidium_marshi_voucher_stri-4069 2
#> 7 MG936834_Characidium_marshi_voucher_stri-6730 2
#> 8 KU288836_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_172-2 3
#> 9 JX111702_Characidium_rachovii_voucher_UNMDP-T_0289 3
#> 10 KU288852_Characidium_rachovii_voucher_MG_ZV-P_172-3 3
#> # ℹ 29 more rowsCopie os resultados análise de haplótipos do DNAsp e salve como um vetor (Só abrir aspas e colar a parte dos resultados que contém os haplótipos e nome das sequências)
vetor_hap <- " Hap_1: 1 [ANGBF36849-19|Eigenmannia_viresc]
Hap_2: 1 [ANGBF36850-19|Eigenmannia_viresc]
Hap_3: 2 [ANGBF56488-19|Eigenmannia_trilin BFFDF015-19|Eigenmannia_trilinea]
Hap_4: 2 [BSB261-10|Eigenmannia_virescens| BSB264-10|Eigenmannia_virescens|]
Hap_5: 2 [BSB262-10|Eigenmannia_virescens| BSB260-10|Eigenmannia_virescens|]
Hap_6: 1 [BSB263-10|Eigenmannia_virescens|]
Hap_7: 4 [BSFFA646-07|Eigenmannia_humboldt BSFFA647-07|Eigenmannia_humboldt ANGBF36843-19|Eigenmannia_humbol ANGBF36844-19|Eigenmannia_humbol]
Hap_8: 1 [CIUA1137-21|Eigenmannia_virescen]
"Depois, utilize esse vetor dentro da função hap_results()
hap_results(vetor_hap)
#> # A tibble: 14 × 2
#> haplotype seq
#> <chr> <chr>
#> 1 1 ANGBF36849-19|Eigenmannia_viresc
#> 2 2 ANGBF36850-19|Eigenmannia_viresc
#> 3 3 ANGBF56488-19|Eigenmannia_trilin
#> 4 3 BFFDF015-19|Eigenmannia_trilinea
#> 5 4 BSB261-10|Eigenmannia_virescens|
#> 6 4 BSB264-10|Eigenmannia_virescens|
#> 7 5 BSB262-10|Eigenmannia_virescens|
#> 8 5 BSB260-10|Eigenmannia_virescens|
#> 9 6 BSB263-10|Eigenmannia_virescens|
#> 10 7 BSFFA646-07|Eigenmannia_humboldt
#> 11 7 BSFFA647-07|Eigenmannia_humboldt
#> 12 7 ANGBF36843-19|Eigenmannia_humbol
#> 13 7 ANGBF36844-19|Eigenmannia_humbol
#> 14 8 CIUA1137-21|Eigenmannia_virescenCopie os resultados análise de haplótipos do DNAsp e salve como um vetor (Só abrir aspas e colar a parte dos resultados que contém os haplótipos e nome das sequências).
Carregue o alinhamento (usando ape::read.FASTA()) e salve como um
objeto
Depois, utilize o vetor e o alinhamento dentro da função
select_seqs_by_hap()
selected_seqs <- select_seqs_by_hap(haps, seqs)Por fim, salve o alinhamento com as sequências selecionadas utilizando
ape::write.FASTA()