Diverses religions coexistent à Madagascar, avec diverses modalités de syncrétisme. La religion traditionnelle est pratiquée par 52 % de la population, le christianisme 41 % (catholicisme et protestantisme), l'islam 10 à 15 %.
La première évangélisation de l'île est due à des missionnaires protestants gallois en 1820 (date d'arrivée des missionnaires David Jones et envoyés par la London Missionary Society) largement concentrés dans les provinces du nord-ouest de Mahajanga et d'Antsiranana (Diego Suarez). Ils s'attelèrent tout d'abord à traduire la Bible en langue malgache et à publier celle-ci, co-créant pour l'occasion un alphabet latin pour la langue, avec le roi Radama Ier. Ils seront ensuite épaulés par de nombreux autres de la même mission.
La mission protestante norvégienne et la mission catholique française viennent les rejoindre à partir du milieu du XIXe siècle. Ces missionnaires entreprennent la construction d'églises et d'écoles.
Au début de 1835, la reine Ranavalona Ier persécute vigoureusement les premiers convertis au christianisme dans une tentative pour stopper l'influence culturelle et politique européenne sur l'île.
En 1869, la reine Ranavalona II se convertit au christianisme et encourage l'activité missionnaire chrétienne, brûlant les Sampy (idoles royales) dans une rupture symbolique avec les croyances traditionnelles.
Aujourd'hui, certains Malgaches pratiquent encore un syncrétisme qui consiste à combiner le christianisme avec leurs croyances religieuses traditionnelles visant à honorer les ancêtres. Ils peuvent, par exemple, inviter un ministre chrétien à consacrer une ré-inhumation famadihana.
Beaucoup d'Églises chrétiennes sont influentes en politique. Le meilleur exemple est le Conseil des Églises malgaches (FFKM) comprenant les quatre plus anciennes et les plus éminentes confessions chrétiennes :
Plus de 52 % de la population du pays pratique encore la religion traditionnelle[6] qui souligne les liens entre les vivants et les morts[7]. L'au-delà n'est pas perçu comme un royaume inaccessible, il participe au monde des vivants. « Tsy maty ny maty » (« les morts ne sont pas morts ») dit un proverbe. Cette vénération des ancêtres a conduit à la tradition de construction de tombeau et du Famadihana (retournement des morts), pratique selon laquelle un membre de la famille du défunt peut ré-envelopper le défunt dans des linceuls de soie douce, étoffes connues sous le nom de Lamba, avant qu’il ne soit ré-inhumé.
Malgré la prévalence du christianisme, le rôle des ombiasy (sorte de chaman) qui sont des devins, des astrologues et des sorciers dans la société betsileo est toujours important. Les ombiasy sont supposés être en mesure de manipuler la magie ainsi que de converser avec les ancêtres. Ils peuvent être consultés pour des raisons allant des problèmes de santé à l'empoisonnement ou encore pour la géomancie, l'agriculture. Pour la protection contre les balles d'armes à feu, ils confectionnent des Moara (objet magique). L'ombiasy peut faire le bien comme le mal, et c'est ce qui le distingue du sorcier qui lui, ne fait que le mal. C'est lui qui décide de la date propice d'une fête comme le famadihana, d'après la position des étoiles et du calendrier lunaire. Il est respecté et craint des habitants car il détient des savoirs qu'il est le seul à maîtriser. Ces pouvoirs peuvent être néfastes s'il les utilise pour jeter un sort.
Famadihana célèbre la mémoire de la personne aimée. C'est l'occasion d'une réunion de la famille et de la communauté dans une ambiance festive. Les habitants des villages environnants sont souvent invités à assister à la fête. De la nourriture et du rhum sont servis accompagnés d'une troupe de Hira Gasy ou autres animations musicales.
L'islam a d'abord été importé sur l'île au Moyen Âge par les Arabes et les commerçants somaliens musulmans qui ont créé plusieurs écoles islamiques le long de la côte orientale. Bien que l'astrologie islamique se soit propagée à travers l'île, la religion islamique a échoué son implantation, sauf dans une poignée de localités côtières du sud-est. En 2010, les musulmans représentaient environ 1,1 % de la population de Madagascar[8] majoritairement comorienne et indo-pakistanaise, largement concentrés dans les provinces du nord-ouest de Mahajanga et d'Antsiranana (Diego Suarez).
La poussée de l'intégrisme musulman apparaît dans les années 2010. Financé par des organisations de pays du Golfe ou du Pakistan, il conduit à l'ouverture anarchique d'établissements religieux illégaux et au recrutement d'enfants dans des madrasas et des écoles (avec de piètres résultats scolaires), souvent sur fond de pauvreté extrême. Les musulmans et des acteurs économiques s'inquiètent de la situation. Il est également à noter la progression du salafisme dans l'archipel voisin des Comores[9].
En 2017, les musulmans étaient en croissance avec représentation de 15% de la population[10]. En , 16 écoles coraniques ont été fermées pour motif de ne pas suivre le programme scolaire officiel, ce qui a amené des tensions entre les communautés chrétiennes et musulmanes[11].
Il existe à Madagascar une petite communauté juive composée d'environ 120 personnes converties officiellement par trois rabbins orthodoxes en 2017[12]. En 2020 un rabbin d'origine belge a créé une yeshiva sur l'île[13].
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