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En avril 2016, au sein de son équipe Bora Argon 18, il ne prend plus part à aucune course et son contrat n'est pas renouvelé après la saison 2016. Il dispute sa dernière course professionnelle le 3 avril 2016 lors du Tour des Flandres. À 27 ans, il met un terme à sa carrière à l'issue de la saison 2016[1].
Le 11 juillet 2017, il est annoncé que Ralf Matzka a été contrôlé positif au tamoxifène le 3 mars 2016 (le tamoxifène est un anti-œstrogène qui augmente la production de testostérone). Ralph Denk, le manager de Bora-Hansgrohe, sa dernière équipe, explique que le test positif est probablement dû à la contamination de l'eau et que l'équipe a décidé de ne pas le rendre public pour « protéger l'athlète ». Matzka n'a pas été sanctionné par l'UCI, mais le processus juridique n'est pas encore terminé et son ancienne équipe s'attend à un verdict d'acquittement. L'enquête du bureau du procureur est arrêtée en septembre 2016 en raison de l'absence de suspicion[2]. Cependant, le 8 janvier 2018, le Tribunal Antidopage de l'UCI annonce l'avoir suspendu deux ans, soit jusqu'au 3 mars 2018[3].