Lignées Pango
| Dépôt | github.com/cov-lineages/pangolin |
|---|---|
| Écrit en | Python |
| Type | Base de données biologiques |
| Licence | Licence publique générale GNU version 3 |
| Site web | pangolin.cog-uk.io |
Lignées Pango ou Attribution phylogénétique des lignées d'épidémies mondiales nommées (PANGOLIN) est un outil logiciel développé par les membres du laboratoire Rambaut, et l'application Web associée[1]. Son objectif est de mettre en œuvre la nomenclature dynamique des lignées SARS-CoV-2, connue sous le nom de nomenclature Pango[2]. Un utilisateur avec une séquence génomique complète d'un échantillon de SARS-CoV-2 peut utiliser l'outil pour soumettre cette séquence, qui est ensuite comparée à d'autres séquences génomiques, et assignée à la lignée la plus probable (Lignées Pango)[3].
Contexte
[modifier | modifier le code]Une lignée Pango est décrite comme un groupe de séquences associées à un événement épidémiologique, par exemple l'introduction du virus dans une zone géographique distincte avec des preuves de propagation[2].
L'outil et le système de nomenclature sont largement utilisés pendant la Pandémie de Covid-19[2],[4].
Notes et références
[modifier | modifier le code]Références
[modifier | modifier le code]- « Real-Time Epidemiology for COVID-19 », www.pathogensurveillance.net (consulté le )
- Rambaut, A., Holmes, E.C., O’Toole, Á. et al., « A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology », Nature Microbiology, vol. 5, no 11, , p. 1403–1407 (PMID 32669681, DOI 10.1038/s41564-020-0770-5, lire en ligne
).
- « Pangolin web application release », virological.org, (consulté le )
- Pipes, Wang, Huelsenbeck et Nielsen, « Assessing Uncertainty in the Rooting of the SARS-CoV-2 Phylogeny », Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), (ISSN 0737-4038, DOI 10.1093/molbev/msaa316, lire en ligne )
Voir aussi
[modifier | modifier le code]Articles connexes
[modifier | modifier le code]- Virologie
- Pandémie de Covid-19
- Maladie à coronavirus 2019
- Coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (espèce)
- SARS-CoV (coronavirus du SRAS)
- Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
- Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient
- Enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), porte d'entrée du virus
- Test diagnostique du SARS-CoV-2
- SARS-CoV-2 chez les animaux non humains
