Ascomycota (classification phylogénétique)
Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Ascomycota (Ascomycètes), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.
Arbre phylogénétique
[modifier | modifier le code]Le cladogramme présenté ici ne possède qu'une valeur indicative. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie au bas de l'article.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré.
Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Édiacarien. Pour plus de précision si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; ( ) : supérieur.
▲ └─o Ascomycota ├─o Taphrinomycotina │ ├─o Archaeorhizomycetes ou Archaeorhizomycetales │ ├─o Neolectomycetes │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Pneumocystidomycetes │ │ └─o Schizosaccharomycetes │ └─o Taphrinomycetes └─o Saccharomyceta ├─o Saccharomycotina ou Saccharomycetes └─o Pezizomycotina ├─o Pezizomycetes └─o ├─o Orbiliomycetes └─o Leotiomyceta ├─o Geoglossomycetes └─o ├─o Sordariomyceta │ ├─o Leotiomycetes │ └─o │ ├─o Laboulbeniomycetes │ └─o Sordariomycetes └─o ├─o Lichinomycetes └─o ├─o Dothideomyceta │ ├─o Arthoniomycetes │ └─o Dothideomycetes └─o ├─o Eurotiomycetes └─o Lecanoromycetes
Arbre développé
▲ └─o Ascomycota ├─? Amorphothecaceae ├─? Coniocybaceae ├─o Taphrinomycotina │ ├─o Archaeorhizomycetes ou Archaeorhizomycetales │ ├─o Neolectomycetes ou Neolectales │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Pneumocystidomycetes ou Pneumocystidales │ │ └─o Schizosaccharomycetes ou Schizosaccharomycetales │ └─o │ ├─o Saitoella │ └─o Taphrinomycetes ou Taphrinales │ ├─o Protomycetaceae │ └─o Taphrinaceae └─o Saccharomyceta ├─o Saccharomycotina ou Saccharomycetes ou Saccharomycetales │ ├─o groupe Trichomonascacus │ ├─o groupe Zygozyma │ ├─o │ │ ├─o groupe Pichia │ │ ├─o groupe Dipodascus │ │ └─o groupe Metschnikowia │ └─o │ ├─o groupe Candida albicans │ ├─o groupe Candida oligophaga │ ├─o groupe Scheffersomyces │ ├─o groupe Saccharomycopsis │ ├─o groupe Wickerhamomyces │ ├─o groupe Candida ovalis │ └─o groupe Saccharomyces └─o Pezizomycotina ├─? Batistiaceae ├─? Thelocarpaceae ├─? Medeolariales ├─o Pezizomycetes ou Pezizales │ ├─? Chorioactidaceae │ ├─? Glaziellaceae │ ├─? Helvellaceae │ ├─? Karstenellaceae │ ├─? Rhizinaceae │ ├─? Sarcoscyphaceae │ ├─? Tuberaceae │ ├─o │ │ ├─o Ascobolaceae │ │ └─o Pezizaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Caloscyphaceae │ │ └─o │ │ ├─o Morchellaceae │ │ └─o Discinaceae │ └─o │ ├─o Sarcosomataceae │ └─o │ ├─o Ascodesmidaceae │ └─o Pyronemataceae └─o ├─o Orbiliomycetes ou Orbiliales └─o Leotiomyceta ├─o Geoglossomycetes ou Geoglossales └─o ├─o Sordariomyceta │ ├─o Leotiomycetes │ │ ├─? Myxotrichaceae │ │ ├─o Neobulgaria │ │ └─o │ │ ├─o Rhytismatales │ │ │ ├─o Ascodichaenaceae │ │ │ ├─o Cryptomycetaceae │ │ │ ├─o Cudoniaceae │ │ │ └─o Rhytismataceae │ │ └─o Helotiales (paraphylétique) │ │ ├─? │ │ │ ├─o Cyttariales │ │ │ └─o Erysiphales │ │ ├─? │ │ │ ├─o Pseudeurotiaceae │ │ │ └─o Thelebolales │ │ ├─? Ascocorticiaceae │ │ ├─? Bulgariaceae │ │ ├─? Hemiphacidiaceae │ │ ├─? Loramycetaceae │ │ ├─? Phacidiaceae │ │ ├─? Vibrisseaceae │ │ ├─o Leotiaceae │ │ └─o │ │ ├─o Dermateaceae │ │ │ ├─o Peziculoideae │ │ │ ├─o Naevioideae │ │ │ ├─o Pseudopezizoideae │ │ │ ├─o Dermateoideae │ │ │ └─o Mollisioideae │ │ └─o │ │ ├─o Helotiaceae (paraphylétique) │ │ │ └─o Hyaloscyphaceae │ │ └─o │ │ ├─o Sclerotiniaceae │ │ └─o Rutstroemiaceae │ └─o │ ├─o Laboulbeniomycetes │ │ ├─o Pixidiophorales │ │ └─o Laboulbeniales │ │ ├─o Ceratomycetaceae │ │ └─o Laboulbeniaceae │ └─o Sordariomycetes │ ├─? Koralionastetales │ ├─? Meliolales │ ├─o Phyllachorales │ ├─? Trichosphaeriales │ ├─o Lulworthiales │ │ ├─o Lulworthiaceae │ │ └─o Spathulosporaceae │ └─o │ ├─o Hypocreomycetidae │ │ ├─o │ │ │ ├─o Glomerellales │ │ │ │ ├─o Australiascaceae │ │ │ │ ├─o Glomerellaceae │ │ │ │ ├─o Plectosphaerellaceae │ │ │ │ └─o Reticulascaceae │ │ │ └─o Microascales │ │ │ ├─o Ceratocystidaceae │ │ │ ├─o Chadefaudiellaceae │ │ │ ├─o Gondwanamycetaceae │ │ │ ├─o Halosphaeriaceae │ │ │ └─o Microascaceae │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Melanosporales │ │ │ └─o Coronophorales │ │ │ ├─o Bertiaceae │ │ │ ├─o Chaetosphaerellaceae │ │ │ ├─o Nitschkiaceae │ │ │ └─o Scotechiniaceae │ │ └─o Hypocreales │ │ ├─o Bionectriaceae │ │ ├─o Ceratostomataceae │ │ ├─o Clavicipitaceae │ │ ├─o Cordycipitaceae │ │ ├─o Hypocreaceae │ │ ├─o Nectriaceae │ │ ├─o Niessliaceae │ │ └─o Ophiocordycipitaceae │ └─o │ ├─o Xylariomycetidae ou Xylariales │ │ ├─o Amphisphaeriaceae │ │ ├─o Clypeosphaeriaceae │ │ ├─o Diatrypaceae │ │ ├─o Graphostromataceae │ │ ├─o Hyponectriaceae │ │ └─o Xylariaceae │ └─o Sordariomycetidae │ ├─? Amplistromataceae │ ├─? Apiosporaceae │ ├─? Catabotrydaceae │ ├─? Helminthosphaeriaceae │ ├─? Jobellisiaceae │ ├─o │ │ ├─o Coniochaetales │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Boliniales │ │ │ └─o Chaetosphaeriales │ │ └─o Sordariales │ │ ├─o Cephalothecaceae │ │ ├─o Chaetomiaceae │ │ ├─o Lasiosphaeriaceae │ │ ├─o Pleurotremataceae │ │ └─o Sordariaceae │ └─o │ ├─o Magnaporthales │ └─o │ ├─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Papulosaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Lanspora │ │ │ └─o Phomatospora │ │ └─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Thyridiaceae │ │ │ └─o Annulatascaceae │ │ └─o Ophiostomatales │ │ ├─o Kathistaceae │ │ └─o Ophiostomataceae │ └─o │ ├─o Togninia │ └─o │ ├─o Calosphaeriales │ │ ├─o Calosphaeriaceae │ │ └─o Pleurostomataceae │ └─o Diaporthales │ ├─o Cryphonectriaceae │ ├─o Diaporthaceae │ ├─o Gnomoniaceae │ ├─o Melanconidaceae │ ├─o Pseudoplagiostomataceae │ ├─o Sydowiellaceae │ └─o Valsaceae └─o ├─o Lichinomycetes │ ├─o Eremithallales │ └─o Lichinales │ ├─o Heppiaceae │ ├─o Lichinaceae │ └─o Peltulaceae └─o ├─o │ ├─o Candelariales │ └─o │ ├─o Symbiotaphrina │ └─o Dothideomyceta │ ├─o Arthoniomycetes ou Arthoniales │ │ ├─o Arthoniaceae │ │ ├─o Chrysotrichaceae │ │ ├─o Opegraphaceae │ │ ├─o Roccellaceae │ │ └─o Roccellographaceae │ └─o Dothideomycetes │ ├─? Argynnaceae │ ├─? Asterinaceae │ ├─? Eremomycetaceae | ├─? Mastodiaceae │ ├─? Meliolinaceae │ ├─? Micropeltidaceae │ ├─? Parodiopsidaceae │ ├─? Planistromellaceae │ ├─? Polystomellaceae | ├─? Xanthopyreniaceae │ ├─? Strigulaceae │ ├─? Acrospermales │ ├─? Microthyriales │ ├─o Dothideomycetidae │ │ ├─o │ │ │ ├─o Dothideales │ │ │ │ ├─o Dothideaceae │ │ │ │ └─o Dothioraceae │ │ │ └─o Myriangiales │ │ │ ├─o Elsinoaceae │ │ │ └─o Myriangiaceae │ │ └─o Capnodiales │ │ ├─o Capnodiaceae │ │ ├─o Coccodiniaceae │ │ ├─o Davidiellaceae │ │ ├─o Dissoconiaceae │ │ ├─o Euantennariaceae │ │ ├─o Piedraiaceae │ │ ├─o Schizothyriaceae │ │ └─o Teratosphaeriaceae │ └─o Pleosporomycetidae │ ├─o Tubeufiaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o │ │ │ ├─o Kirschsteiniothelia │ │ │ └─o Hysteropatella │ │ └─o │ │ ├─o Mycosphaerellaceae │ │ └─o │ │ ├─o Phaeotrichum │ │ └─o │ │ ├─o Tyrannosorus │ │ └─o Venturiales │ │ ├─o Sympoventuriaceae │ │ └─o Venturiaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Botryosphaeriales │ │ └─o Trypetheliales │ └─o │ ├─o Jahnulales ou Aliquandostipitaceae │ └─o │ ├─o Patellariales │ └─o │ ├─o Mytilinidiales │ └─o │ ├─o Hysteriales │ └─o Pleosporales │ ├─? Aigialaceae │ ├─? Amniculicolaceae │ ├─? Arthopyreniaceae │ ├─? Cucurbitariaceae │ ├─? Dacampiaceae │ ├─? Diademaceae │ ├─? Dothidotthiaceae │ ├─? Fenestellaceae │ ├─? Hypsostromataceae │ ├─? Lentitheciaceae │ ├─? Lindgomycetaceae │ ├─? Lophiostomataceae │ ├─? Massariaceae │ ├─? Massarinaceae │ ├─? Melanommataceae │ ├─? Montagnulaceae │ ├─? Morosphaeriaceae │ ├─? Naetrocymbaceae │ ├─? Phaeotrichaceae │ ├─? Shiraiaceae │ ├─? Teichosporaceae │ ├─? Tetraplosphaeriaceae │ ├─o Delitschiaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Didymosphaeriaceae │ │ └─o Testudinaceae │ └─o │ ├─o Pleomassariaceae │ └─o │ ├─o Sporormiaceae │ └─o Pleosporineae │ ├─o │ │ ├─o Ascochyta │ │ └─o Didymellaceae │ └─o │ ├─? Phaeosphaeriaceae │ ├─o Leptosphaeriaceae │ └─o Pleosporaceae └─o ├─o Eurotiomycetes │ ├─o Mycocaliciomycetidae ou Mycocaliciales │ │ ├─o Mycocaliciaceae │ │ └─o Sphinctrinaceae │ └─o │ ├─o Dactylosporaceae │ └─o │ ├─o Chaetothyriomycetidae │ │ ├─? Rhynchostomataceae │ │ ├─o Pyrenulales │ │ │ ├─o Pyrenulaceae │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Monoblastiaceae │ │ │ └─o Requienellaceae │ │ └─o │ │ ├─o Chaetothyriales │ │ │ ├─o Chaetothyriaceae │ │ │ └─o Herpotrichiellaceae │ │ └─o Verrucariales │ │ ├─o Adelococcaceae │ │ └─o Verrucariaceae │ └─o Eurotiomycetidae │ ├─o Coryneliales │ └─o │ ├─o Eurotiales │ │ ├─o Elaphomycetaceae │ │ ├─o Monascaceae │ │ └─o Trichocomaceae │ └─o Onygenales │ ├─o Ascosphaeraceae │ ├─o Eremascaceae │ └─o │ ├─o Arachnomycetaceae │ └─o │ ├─o Ajellomycetaceae │ ├─o Arthrodermataceae │ ├─o Gymnoascaceae │ └─o Onygenaceae └─o Lecanoromycetes ├─o Acarosporomycetidae ou Acarosporales └─o ├─o Ostropomycetidae │ ├─? Protothelenellaceae │ ├─? Thelenellaceae │ ├─o │ │ ├─o Umbilicariales │ │ └─o │ │ ├─o Ramalinaceae │ │ └─o Hypocenomyce │ └─o │ ├─o Loxosporaceae │ └─o │ ├─o Pertusariales │ │ ├─? Megasporaceae │ │ ├─o Icmadophilaceae │ │ └─o │ │ ├─o Coccotremataceae │ │ └─o Pertusariaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Baeomycetales │ │ └─o Hymeneliaceae │ └─o │ ├─o Agyriales │ │ ├─o Agyriaceae │ │ ├─o Elixiaceae │ │ └─o Anamylopsoraceae │ └─o Ostropales (paraphylétique) │ ├─? Asterothyriaceae │ ├─? Graphidaceae │ ├─? Odontotremataceae │ ├─? Phaneromycetaceae │ ├─? Porinaceae │ ├─? Solorinellaceae │ ├─o Trapeliopsis │ └─o │ ├─o Placopsis │ └─o │ ├─o Stictidaceae │ └─o Gyalectales │ ├─o Coenogoniaceae │ └─o │ ├─o Gyalectaceae │ └─o Thelotremataceae └─o Lecanoromycetidae ├─? Bacidiaceae ├─? Biatorellaceae ├─? Brigantiaeaceae ├─? Ectolechiaceae ├─? Fuscideaceae ├─? Pachyascaceae ├─? Phlyctidaceae ├─? Vezdaeaceae ├─o Schistophoron └─o ├─o │ ├─o Sphaerophoraceae │ └─o Stereocaulaceae └─o ├─o Rhizocarpaceae └─o ├─o │ ├─o Caliciales │ │ ├─o Caliciaceae │ │ └─o Physciaceae │ └─o Teloschistales │ ├─o Letrouitiaceae │ ├─o Megalosporaceae │ └─o Teloschistaceae └─o ├─o │ ├─o Lecidea │ └─o Peltigerales │ ├─o Collematineae │ │ ├─o Coccocarpiaceae │ │ ├─o Collemataceae │ │ └─o Pannariaceae │ └─o Peltigerineae │ ├─o Placynthiaceae │ ├─o Nephromataceae │ └─o │ ├─o Lobariaceae │ └─o Peltigeraceae └─o Lecanorales s.s. ├─o Anziaceae ├─o Aphanopsidaceae ├─o Arthrorhaphidaceae ├─o Catillariaceae ├─o Cetradoniaceae ├─o Cladoniaceae ├─o Crocyniaceae ├─o Gypsoplacaceae ├─o Haematommataceae ├─o Lecanoraceae ├─o Megalariaceae ├─o Micareaceae ├─o Miltideaceae ├─o Mycoblastaceae ├─o Ophioparmaceae ├─o Parmeliaceae ├─o Pilocarpaceae ├─o Porpidiaceae ├─o Psoraceae └─o Tephromelataceae
Débat scientifique relatif à la phylogénie des Ascomycota
[modifier | modifier le code]En savoir plus
[modifier | modifier le code]Sources bibliographiques de référence
[modifier | modifier le code]- Conrad L. Schoch, Z. Wang, J.P. Townsend et J.W. Spatafora : « Geoglossomycetes cl. nov., Geoglossales ord. nov. and taxa above class rank in the Ascomycota Tree of Life », Persoonia, vol. 22, 2009, pp. 129-138
- Conrad L. Schoch, Gi-Ho Sung, Francesc López-Giráldez, Jeffrey P. Townsend, Jolanta Miadlikowska, Valérie Hofstetter, Barbara Robbertse, P. Branton Matheny, Frank Kauff, Zheng Wang, Cécile Gueidan, Rachael M. Andrie, Kristin Trippe, Linda M. Ciufetti, Anja Wynns, Emily Fraker, Brendan P. Hodkinson, Gregory Bonito, Johannes Z. Groenewald, Mahdi Arzanlou, G. Sybren de Hoog, Pedro W. Crous, David Hewitt, Donald H. Pfister, Kristin Peterson, Marieka Gryzenhout, Michael J. Wingfield, André Aptroot, Sung-Oui Suh, Meredith Blackwell, David M. Hillis, Gareth W. Griffith, Lisa A. Castlebury, Amy Y. Rossman, H. Thorsten Lumbsch, Robert Lücking, Burkhard Büdel, Alexandra Rauhut, Paul Diederich, Damien Ertz, David M. Geiser, Kentaro Hosaka, Patrik Inderbitzin, Jan Kohlmeyer, Brigitte Volkmann-Kohlmeyer, Lizel Mostert, Kerry O'Donnell, Harrie Sipman, Jack D. Rogers, Robert A. Shoemaker, Junta Sugiyama, Richard C. Summerbell, Wendy Untereiner, Peter R. Johnston, Soili Stenroos, Alga Zuccaro, Paul S. Dyer, Peter D. Crittenden, Mariette S. Cole, Karen Hansen, James M. Trappe, Rebecca Yahr, François Lutzoni et Joseph W. Spatafora : « The Ascomycota Tree of Life: A Phylum-wide Phylogeny Clarifies the Origin and Evolution of Fundamental Reproductive and Ecological Traits », Syst. Biol., vol. 58, n°2, 2009, pp. 224–239
- Timothy Y. James, Frank Kauff, Conrad L. Schoch, P. Brandon Matheny, Valérie Hofstetter, Cymon J. Cox, Gail Celio, Cécile Gueidan, Emily Fraker, Jolanta Miadlikowska, H. Thorsten Lumbsch, Alexandra Rauhut, Valérie Reeb, A. Elizabeth Arnold, Anja Amtoft, Jason E. Stajich, Kentaro Hosaka, Gi-Ho Sung, Desiree Johnson, Ben O’Rourke, Michael Crockett, Manfred Binder, Judd M. Curtis, Jason C. Slot, Zheng Wang, Andrew W. Wilson, Arthur Schüßler, Joyce E. Longcore, Kerry O’Donnell, Sharon Mozley-Standridge, David Porter, Peter M. Letcher, Martha J. Powell, John W. Taylor, Merlin M. White, Gareth W. Griffith, David R. Davies, Richard A. Humber, Joseph B. Morton, Junta Sugiyama, Amy Y. Rossman, Jack D. Rogers, Don H. Pfister, David Hewitt, Karen Hansen, Sarah Hambleton, Robert A. Shoemaker, Jan Kohlmeyer, Brigitte Volkmann-Kohlmeyer, Robert A. Spotts, Maryna Serdani, Pedro W. Crous, Karen W. Hughes, Kenji Matsuura, Ewald Langer, Gitta Langer, Wendy A. Untereiner, Robert Lücking, Burkhard Büdel, David M. Geiser, André Aptroot, Paul Diederich, Imke Schmitt, Matthias Schultz, Rebecca Yahr, David S. Hibbett, François Lutzoni, David J. McLaughlin, Joseph W. Spatafora et Rytas Vilgalys : « Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny », Nature, vol. 443, 2006, pp. 818-822
