Mikko Pesälä on ammatiltaan maanviljelijä. Hänen koulutuksenaan on pelkkä kansakoulu sekä myöhemmin kansanopisto, sotilasarvo on sotilasmestari. Naimisissa hän on ollut vuodesta 1961, liitosta on kolme lasta. Luottamustehtäviin Pesälä päätyi kun hänestä tuli maataloustuottajien järjestön MTK:n johtokunnan jäsen 1970-luvun alussa, samoihin aikoihin 1972 hänestä tuli myös Iitin kunnanvaltuuston jäsen, johon hän kuului vuoteen 1984. Eduskuntaan Pesälä nousi Kymen läänin vaalipiiristävuoden 1975 vaaleissa.
Vuosina 1991–1995 toiminut Esko Ahon porvarihallitus menetti kaksi ministeriään, kun vuoden 1994 alussa ulkoministeri Paavo Väyrynen lähti virastaan kampanjoimaan presidentinvaaleihin. Virkansa jätti myös Väyrysen uskollinen tukija, maa- ja metsätalousministeri Martti Pura. Uudeksi ulkoministeriksi tuli Heikki Haavisto ja Mikko Pesälästä tehtiin maatalousministeri. Hän toimi tuossa virassa yhtenä Suomen maatalouden suurimmista murroskausista maan liittyessä heti laman jälkeen Euroopan unioniin, ja sai kokea ankaraa arvostelua erityisesti MTK:n taholta. Ministerinvirka päättyi Keskustan kärsiessä suurtappion 1995 vaaleissa ja jäädessä oppositioon.
Mikko Pesälä jätti eduskunnan 24 vuoden jälkeen keväällä 1999 ja asettui ehdolle saman kesän europarlamenttivaaleihin, joissa hänet valittiin vaaliliiton pienimmällä äänimäärällä, noin 24 000 äänellä. Euroopan parlamentissa Pesälän puolueena oli muiden keskustalaisten tavoin ELDR eli Euroopan liberaalidemokraattinen puolue. Keskustan ”kiintiömaanviljelijänä” Pesälä oli EU-parlamentissakin aktiivinen maaseudun asioissa, ja kuului koko viisivuotisen kautensa ajan maatalousvaliokuntaan.
Pesälän toiminta Euroopan parlamentissa jäi yhden kauden mittaiseksi. Vuoden 2004 vaaleissa hän ei enää asettunut ehdolle, vetäytyen näin päivänpolitiikan ulkopuolelle. Pesälä julkaisi jo vuonna 1998 eduskuntauraansa käsittelevän muistelmateoksen Herrana on hyvä olla.
Vuonna 2007 Pesälä oli mukana näyttelemässä Iitin Harrastajateatterissa. Näytelmässä Hunttalan Matti Pesälä esitti Oskari Sievästä.