Prätkähiirten 2. tuotantokausi alkoi Yhdysvalloissa 20. syyskuuta 1994 jaksolla Steal of the Century, joka tunnetaan Suomessa nimellä Aseiden aatelia. 2. kausi käsittää 39 jaksoa, jotka kuitenkin esitettiin sekalaisessa järjestyksessä. Yhdysvalloissa kolmannen kauden esitys päättyi 23. kesäkuuta 1995.
Suomessa 2. kausi käynnistyi 6. toukokuuta 1995 ja päättyi vuonna 1996.
Leipäjuusto yrittää varastaa arvokasta hävittäjää armeijalta ja palkkaa Vapisuttajan tekemään likaiset työt, kun Rasvanahka on kykenemätön tekemään hommaansa.
Leipäjuusto yrittää jälleen keksiä keinon päästäkseen eroon Chicagosta ja saakin idean, kun hän ostaa uuden huvipuiston Juustomaan, piilottaakseen salaisen suunnitelman siirtää maata Plutoon.
Leipäjuusto menettää ylipäällikkö Camembertin rahoituksen ja keksiikin juonikkaan idean saada rahoituksensa takaisin Camembertiltä. Tämä tietää Prätkähiirien pelastuspartiota pelastaakseen kansallismonumentin.
Leipäjuuston vanha plutolainen arkkivihollinen Teuvo Tahko tekee yllätyshyökkäyksen Leipäjuustolle, yrittäessään tuhota Detroitin lisäksi Chicagon ja sitten koko maailman. Prätkähiiret kuitenkin lupautuvat auttamaan Leipäjuustoa, mutta vain Chicagon hyväksi.
Prätkähiirille tulee kiire pelastaa Santun korjaamo, kun Leipäjuusto on hankkinut laillisen lupakirjan, jonka luvalla hän voi purkaa Santun korjaamon. Apuun kutsutaan Kourakolli-niminen konna.
Prätkähiiret nappaavat vihdoinkin Leipäjuuston kiinni, ja ovat palaamassa takaisin Marsiin oikeudenkäyntiä varten, mutta saavatkin pian huomata joutuvan itse vangeiksi petoksesta. Prätkähiirten täytyy paeta, ja pelastaa Santtu Rasvanahalta ja Nuikilta.
Prätkähiiret joutuvat kahden ongelman eteen, kun marsilaiset pitävät heitä vankeinaan, ja Leipäjuusto on aikeissaan tuhota Mars uusimmalla asteroidiaseellaan.
Leipäjuusto houkuttelee Prätkähiiret Motocross-kilpailuun, jossa Vinskin täytyy puolustaa hallitsevana Universumin mestarina. Kilpailuun osallistuu myös heidän arkkivihollisiaan.
Chicagoon saapuu palkkiometsästäjä, joka on Leipäjuuston perässä. Leipäjuuston suunnitelma kaapata propaania saa aluksi mutkia matkaan, mutta Vilman heikkous aseisiin saa Leipäjuuston juonittelemaan Vilman puolelleen Prätkähiiriä vastaan.
Leipäjuusto onnistuu saamaan vankilan johtajuuden nimiinsä, jonka myötä Santtu yhdessä Prätkähiirien kanssa yrittää keksiä keinon joutua vankilaan pysäyttääkseen Leipäjuuston.
Pluton hallitus on saanut tarpeekseen Leipäjuuston epäonnistuessaan tuhota Santun korjaamo, jonka myötä hänen täytyy todistaa olevansa edelleen nimensä veroinen. Kertausjakso (engl.Clip Show).
Intergalaktisten saalistajien metsästämä marsilainen hiiri nimeltä Miihkali karkaakin heidän alukseltaan ja löytää tiensä maahan. Tämän seurauksena Chicago saa taas uusia vieraita ulkoavaruudesta.
Leipäjuuston viimeinen mahdollisuus olla Chicagossa pomona kätyreilleen saa päätöksensä, kun ylipäällikkö Camembert erottaa hänet tehtävästään ja nimittää Rasvanahan tilalle. Kaikkien yllätykseksi Rasvanahka onnistuu saamaan Santun korjaamon haltuunsa.
Leipäjuusto kutsuu kaikki tuntemansa konnat Chicagoon järjestääkseen heille Vuoden kelmi-kilpailun, jossa palkintona ovat Prätkähiiret. Kertausjakso (engl.Clip Show).
Leipäjuusto käyttää geenimuokkainta varastaakseen puita, kun sillä välin Nuikki ja Mutantti joutuvat vahingossa geenimuokkaimen säteiden uhreiksi ja muokkautuvat yhteen.
Monttupomo on tullut takaisin uusien konnien kanssa, mutta tällä kertaa hän on kaapannut Santun. Prätkähiiret saavat myös uuden liittolaisen taistellessaan Leipäjuustoa vastaan.
Prätkähiiret hakevat töitä ja pääsevät elokuvaan sijaisnäyttelijöiksi, jota kuvataan Chicagossa. Ongelmana ovat kuitenkin näyttelijät ja ohjaaja, kuten myös kuvauspaikat.
Santtu ja Nuikki kaapataan galaktiseen yhtiöön, jossa heidän kaappaajat yrittävät todistaa pomolleen valinneensa paremman tiedemiehen. Kertausjakso (engl.Clip Show).
Moton käsi on vaihdon tarpeessa, mutta asiat menevät oudommaksi, kun Vinskin suunnitelma menee pieleen ja Nuikki luo ilkeän robotin Vinskistä, jolla on myös hänen egonsa.
Leipäjuuston kätyrit alkavat lakkoilla, mistä johtuen hän joutuu palkkaamaan Vapisuttajan kouluttamaan uusia hanttapulijoukkoja. Valitettavasti Vapisuttajalla on omat taka-ajatukset mielessään.
Nuikki on kehittänyt laitteen, joka kykenee herättämään sarjakuvahahmoja eloon. Tämä saa Leipäjuuston kehittämään keinon tuhota hiiret luomalla ilkeät versiot Prätkähiiristä.
Leipäjuusto häiritsee Chicagon jätepalvelua pommittaakseen kaupunkia jätepommeilla. Tähän tehtävään Leipäjuusto palkkaa Universumin haisevimmat konnat Löyhkälän veljekset.
Leipäjuuston satelliitti häiriköityy ja se putoaa Pohjoisnavalle. Prätkähiirien on kuitenkin ehdittävä ennen Leipäjuustoa Pohjoisnavalle ja löytää satelliitti.
Nuikki on jälleen luonut laitteen, joka muuttaa Rasvanahan jättiläiseksi. Tämän seurauksena hän ihastuu Santtuun, joka sattuu olemaan rasvan sotkussa. Rasvanahka tuo hänelle kukkia ja runoja, mutta kaikki ei kuitenkaan mene lopuksi niin kuin hän olisi halunnut.
Leipäjuusto palkkaa suuren määrän uusia konnia, joita hän joutuu harjoittamaan ennen kuin heidät voi lähettää arkkivihollisensa Teuvo Tahkon kimppuun. Kertausjakso (engl.Clip Show).
Leipäjuusto avaa uuden casinon saarelle, jonne Prätkähiiret matkaavat pysäyttääkseen hänet omassa pelissään yrittäessään voittaa maata Chicagon asukkailta.