محمدعلی ذاکر ۸ برادر و خواهر داشت که برخی از آنها مانند ابراهیم قبل و بعد از انقلاب عضو ارشد سازمان مجاهدین خلق ایران بود و برخی نیز مانند محمدجعفر ذاکر در سمت مسئول اطلاعات سپاه آذربایجان و دانشجویان پیرو خط امام در قضیه گروگان‌گیری در سفارت ایالات متحده آمریکا حضور داشت. از دیگر اعضای خانواده او که عضو سازمان مجاهدین خلق ایران جلال و حوریه و محمود ذاکر می‌توان نام برد. خوریه ذاکر و مادر محمدعلی ذاکر به اتهام عضویت در این سازمان اعدام شدند.[۲]
محمدعلی ذاکر در سال ۱۳۵۴ از دانشکده پلی‌تکنیک در رشته مهندسی مکانیک فارغ‌التحصیل شد. او بین سال‌های ۵۸ تا ۶۸ در وزارت صنایع در سمت‌های مختلفی از سرپرستی وزارت خانه تا معاونت برنامه‌ریزی، صنایع فلزی، حقوقی و پارلمانی، امور مجلس و استان‌های وزارت صنایع را به عهده داشت. همچنین ذاکر از سال ۶۸ تا ۱۳۷۲ مدیر صنایع موشکی کشور بود.[۳]
۱ سال ۱۳۶۳ سازمان اوقاف از معاونت نخست‌وزیری به یکی از معاونت‌های وزارت ارشاد اسلامی تبدیل شد و سال ۱۳۶۶ نام وزارت‌خانه به فرهنگ و ارشاد اسلامی تبدیل شد. ۲ وزارت اطلاعات در سال ۱۳۶۳ جایگزین دفتر اطلاعات و تحقیقات شد. ۳ سال ۱۳۶۳ سازمان برنامه و بودجه از وزارت مشاور به وزارت تبدیل شد. ۴ سال ۱۳۶۳ وزارت مشاور بهزیستی در درون وزارت بهداری ادغام شده و سال ۱۳۶۴ نام وزارت بهداری به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تبدیل شد. ۵ وزارت جهاد سازندگی در سال ۱۳۶۲ بنیان‌گذاری شد. ۶ وزارت سپاه در سال ۱۳۶۱ بنیان‌گذاری شده و سال ۱۳۶۸ در درون وزارت دفاع ادغام شد. نام وزارت دفاع تا سال ۱۳۶۳، وزارت دفاع ملی بود. ۷ وزارت صنایع سنگین در سال ۱۳۶۱ از وزارت صنایع و معادن جدا شد. ۸ سال ۱۳۶۲ وظایف عمران روستایی به وزارت جهاد سازندگی منتقل شده و از نام وزارت کشورزی حذف شد. ۹ سال ۱۳۶۳ وزیر مشاور امور اجرایی به معاونت اجرایی نخست‌وزیر تبدیل شد. ۱۰ دفتر خدمات حقوقی بین‌المللی در سال ۱۳۶۰ بنیان‌گذاری شد.
۱۱ سال ۱۳۶۳ سازمان انرژی اتمی دوباره به سطح معاونت نخست‌وزیری ارتقا یافت.
