Phycisphaeraceae

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Phycisphaeraceae
Systematik
Domäne: Bakterien (Bacteria)
ohne Rang: PVC-Gruppe
Abteilung: Planctomycetota
Klasse: Phycisphaerae[1]
Ordnung: Phycisphaerales
Familie: Phycisphaeraceae
Wissenschaftlicher Name der Ordnung
Fukunaga et al. 2010[1]
Wissenschaftlicher Name der Familie
Phycisphaeraceae
Fukunaga et al. 2010[1]

Die Phycisphaeraceae sind eine Familie von Bakterien im Phylum Planctomycetota innerhalb der PVC-Gruppe.[2][3][4]

Beschreibung

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Die Typusart ist Phycisphaera mikurensis mit Referenzstamm FYK2301M01T (alias DSM:103959 oder NBRC:102666). Dieser Stamm, sowie zwei weitere, FYK2301M18 (alias NBRC 102667) und FYK2301M52 (alias NBRC 102668) sind alle gramnegativ, kugelförmig, beweglich und fakultativ anaerob. Sie wurden aus einer Meeresalge (Porphyra sp.) isoliert, die aus Proben von der Insel Mikura, Japan, stammte. Die Kolonien dieser Stämme sind kreisförmig und rosa pigmentiert. Sie wurden kultiviert auf Marine Agar 2216[5] (Difco) bei 25 °C. Die Zellen der Stämme vermehren sich durch binäre Spaltung (Schizotomie). Der G C-Gehalt der DNA beträgt 73 mol%. Als wichtigstes Isoprenoidchinon[6] war MK-6. Eine phylogenetische Analyse auf der Grundlage von 16S-rRNA-Gensequenzen ergab, dass die Stämme Mitglieder der provisorisch als WPS-1 bezeichneten Gruppe sind (Nogales et al., 2001[7]) sind, die damals keine gültig beschriebenen Taxa innerhalb des Phylums der Planctomyceten umfasste. Der höchste Ähnlichkeitswert der 16S-rRNA-Gensequenzen der drei Stämme mit denen von etablierten Bakterientaxa lag bei nur 78,7 % zu Planctomyces brasiliensis DSM 5305T. Diese Ergebnisse führten zur Einrichtung einer neuen Klasse Phycisphaerae für die WPS-1-Gruppe mit der die drei Stämme umfassenden Typusart Phycisphaera mikurensis, wobei der M01-Stamm als Referenz gewählt wurde.[1]

Darstellung der Zellteilungsmodi im letzten gemeinsamen Vorfahren der PVC-Gruppe und in einigen heutigen PVC-Vertretern: Äußere Membranen werden durch dicke Linien dargestellt, innere Membranen durch dünne Linien. Die Peptidoglykanschicht ist durch gepunktete Linien dargestellt, und FtsZ-Proteine sind als Ring aus grauen Kreisen dargestellt.[8]

Etymologie

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Die Bezeichnungen der Klasse Phycisphaerae, Ordnung Phycisphaerales und Familie Phycisphaeraceae sind abgeleitet von der Typusgattung Phycisphaera, versehen mit dem für die jeweilige Rangstufe zugehörigen Suffix. Die Bezeichnung der Typusgattung Phycisphaera setzt sich zusammen aus einem von altgriechisch φύκος phŷkos, deutsch ‚(See-)Tang‘ stammenden Präfix und einem von σφαῖρα, deutsch ‚Hülle‘, lateinisch sphaera (Sphäre), bzw. ‚Ball‘ (Kugel) stammenden Suffix: Die Bezeichnung verweist auf ein sphärisches (kugelförmiges) Bakterium, dass von Seetang isoliert wurde.[4]

Systematik

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Thomas Cavalier-Smith und Chao ordeneten 2020 diese Klasse dem Infraphylum „Planctomycetia“ Cavalier-Smith 2020 zu. Die gegenwärtig akzeptierte Taxonomie basiert auf der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[4] und dem National Center for Biotechnology Information (NCBI).[9][2] Ergänzt sind einige Mitglieder mit vorläufigen Bezeichnungen nach der Genome Taxonomy Database (GTDB), Stand 18. November 2023:

Phylum: Planctomycetota

  • Klasse: Phycisphaerae Fukunaga et al. 2010 (früher WPS-1-Gruppe genannt)[10][7]
    • Ordnung: Phycisphaerales Fukunaga et al. 2010
      • Familie: Phycisphaeraceae Fukunaga et al. 2010
        • Algisphaera Yoon et al. 2014
          • Algisphaera agarilytica Yoon et al. 2014 (Typus),
            mit Referenzstamm 06SJR6-2[11] alias KCTC:32482, NBRC:109894 oder DSM:103725
          • Algisphaera sp023300125 (GTDB) syn. Phycisphaera sp. isolate g3_MAG_00007 (NCBI)(verschoben)
        • Mucisphaera Kallscheuer et al. 2022
          • Mucisphaera calidilacus Kallscheuer et al. 2022 (Monotyp),
            mit Referenzstamm Pan265 alias DSM:100697 oder CECT:30425
        • Phycisphaera Fukunaga et al. 2010
          • Phycisphaera mikurensis Fukunaga et al. 2010 (Typus),
            mit Referenzstamm FYK2301M01 alias KCTC:22515, NBRC:102666 oder DSM:103959
            und den Stämmen FYK2301M18 alias NBRC 102667, sowie FYK2301M52 alias NBRC 102668[1]
          • Phycisphaera sp. RhM
        • Poriferisphaera Kallscheuer et al. 2021
        • Mitglieder der Familie ohne Gattungszuweisung mit vorläufigen Bezeichnungen nach der NCBI-Taxonomie
          • Phycisphaeraceae bacterium AH-315-B13
          • Phycisphaeraceae bacterium D3-23
          • Phycisphaeraceae bacterium YUMCWW1
          • Planctomycete GMD14H07[14][11]
      • Familie SM1A02 (GTDB)[15]
        • UBA8653
          • UBA8653 sp002168105 syn. Phycisphaera sp. TMED24 (ausgegliedert aus der Gattung u. Fam.)
          • UBA8653 sp002862275 syn. Phycisphaera sp. TMED151 (ausgegliedert aus der Gattung u. Fam.)
        • UBA12014
          • UBA12014 sp002167845syn. Phycisphaera sp. TMED9 (ausgegliedert aus der Gattung u. Fam.)
          • UBA12014 sp002690755 syn. Phycisphaeraceae bacterium TMED231 (ausgegliedert aus der Fam.)
        • Mitglieder der Familie ohne Gattungszuweisung
          • Uncultured Planctomycetales bacterium clone SM1A02 (NCBI)[16]
    • Ordnung: „Sedimentisphaerales“ Spring et al.2018
    • Ordnung: „Tepidisphaerales“ Kovaleva et al. 2015

Phylogenie

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Grundlage: 120 Markerproteine auf Basis der GTDB 07-RS207[15] und dem 16S-RNA-basiertem LTP_01_2022[17]
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Phycisphaera


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Algisphaera


   

Poriferisphaera




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Einzelnachweise

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  1. ↑ a b c d e Yukiyo Fukunaga, Midori Kurahashi, Yayoi Sakiyama, Motoyuki Ohuchi, Akira Yokota, Shigeaki Harayama: Phycisphaera mikurensis gen. nov., sp. nov., isolated from a marine alga, and proposal of Phycisphaeraceae fam. nov., Phycisphaerales ord. nov. and Phycisphaerae classis nov. in the phylum Planctomycetes. In: The Journal of General and Applied Microbiology, Band 55, Nr. 4, 2009, S. 267–275; doi:10.2323/jgam.55.267, PMID 19700920, ResearchGate, ePub 24. August 2009 (englisch).
  2. ↑ a b Phycisphaeraceae. In: UniProt. (englisch, uniprot.org).
  3. ↑ Charles Thomas Parker, Dorothea Taylor, George M. Garrity: Phycisphaeraceae Fukunaga et al. 2010. In: The NamesforLife Abstracts. 1. Januar 2003, doi:10.1601/tx.15014 (englisch).
  4. ↑ a b c J.P. Euzéby: Family Phycisphaeraceae Fukunaga et al. 2010. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 18. November 2023.
  5. ↑ Marine Agar 2216, Marine Broth 2216. In: Website Becton, Dickinson and Company (BD). Abgerufen am 18. Februar 2014. (englischsprachige Gebrauchsanweisung, 2. Auflage; PDF; 656 kB).
  6. ↑ Akira Hiraishi: Isoprenoid quinones as biomarkers of microbial populations in the environment. In: Journal of Bioscience and Bioengineering, Band 88, Nr. 5, 1999, S. 449–460; doi:10.1016/S1389-1723(00)87658-6 (englisch).
  7. ↑ a b Balbina Nogales, Edward R. B. Moore, Enrique Llobet-Brossa, Ramon Rossello-Mora, Rudolf Amann, Kenneth N. Timmis: Combined Use of 16S Ribosomal DNA and 16S rRNA To Study the Bacterial Community of Polychlorinated Biphenyl-Polluted Soil. In: ASM Journals, Applied and Environmental Microbiology, Band 67, No. 4, S. 1874–1884, 1. April 2001; doi:10.1128/AEM.67.4.1874-1884.2001 (englisch).
  8. ↑ Elena Rivas-Marín Inés Canosa Damien P. Devos: Evolutionary Cell Biology of Division Mode in the Bacterial Planctomycetes-Verrucomicrobia-Chlamydiae Superphylum. In: Frontiers in Microbiology, 7. Jahrgang, 2016, S. 1964, doi:10.3389/fmicb.2016.01964, PMID 28018303, PMC 5147048 (freier Volltext) (englisch).
  9. ↑ Sayers et al.: Phycisphaeraceae. National Center for Biotechnology Information (NCBI) Taxonomy Database, abgerufen am 9. November 2023 (englisch).
  10. ↑ Yukiyo Fukunaga: Phycisphaerae. In: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 20. März 2020; doi:10.1002/9781118960608.cbm00069 (englisch).
  11. ↑ a b c Nicolai Kallscheuer, Sandra Wiegand, Timo Kohn, Christian Boedeker, Olga Jeske, Patrick Rast, Ralph-Walter Müller, Franz Brümmer, Anja Heuer, Mike S. M. Jetten, Manfred Rohde, Mareike Jogler, Christian Jogler: Cultivation-Independent Analysis of the Bacterial Community Associated With the Calcareous Sponge Clathrina and Isolation of Poriferisphaera corsica Gen. Nov., Sp. Nov., Belonging to the Barely Studied Class Phycisphaerae in the Phylum Planctomycetes. In: Frontiers in Microbiology, Band 11, Sec. Aquatic Microbiology, Nr. 602250, 22. Dezember 2020; doi:10.3389/fmicb.2020.602250, PMID 33414774, PMC 7783415 (freier Volltext) (englisch).
  12. ↑ Rikuan Zheng, Chong Wang, Rui Liu, Ruining Cai, Chaomin Sun: Physiological and metabolic insights into the first cultured anaerobic representative of deep-sea Planctomycetes bacteria. In: eLife, Band 12, 29. August 2023, RP89874; doi: 10.7554/eLife.89874.1 (englisch). Supplementary Material (PDF).
  13. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Planctomycetes bacterium ZRK32 (species), Nucleotide: Search: strain ZRK32. Zugriffsnr. CP066225 & MW376756.
  14. ↑ NCBI Taxonomy Browser: planctomycete GMD14H07 (species), Nucleotide: Planctomycete GMD14H07 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence, Zugriffsnr. AY162124.
  15. ↑ a b GTDB: Phycisphaerae (class). Dazu:
  16. ↑ NCBI Nucleotide: Uncultured Planctomycetales bacterium clone SM1A02 16S ribosomal RNA gene, partial sequence. Zugriffsnr. AF445645.
  17. ↑ The LTP. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch). Das ‚The All-Species Living Tree‘-Projekt ([en]). Dazu:
    • Tree_LTP_all_01_2022.ntree (Memento des Originals vom 4. September 2022 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/imedea.uib-csic.es (Newick-Format) Phylogenetischer Baum in: LTP. Abgerufen am 23. Februar 2022.
    • LTP_01_2022 Release Notes. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch).
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