RNA-Seq

RNA-seq (seqüenciació d'RNA), també anomenat Seqüenciació del Transcriptoma Sencer per Clonatge a l'atzar^[1] (de l'anglés Whole Transcriptome Shotgun Sequencing), utilitza la seqüenciació massiva (NGS) per revelar la presència i quantitat d'RNA en una mostra biològica a un moment donat.^[2]^[3]

Així, l'RNA-Seq s'usa per analitzar canvis en el transcriptoma. Concretament, l'RNA-Seq facilita l'observació de transcrits resultants de l'empalmament alternatiu, modificacions post-transcripcionals, fusions gèniques, mutacions/SNPs (Polimorfismes de Nucleòtids simples) i canvis d'expressió de gens.^[4] Donat que el procés implica l'obtenció d'RNA total, l'RNA-Seq pot ajudar a caracteritzar poblacions diferents d'RNA com miRNA, tRNA, i rRNA.^[5] Aquesta tecnologia, a més, també pot servir per determinar les fronteres exó/intró i verificar o esmenar regions 5' i 3'.

Referències

↑ Ryan D. Morin, Matthew Bainbridge, Anthony Fejes, Martin Hirst, Martin Krzywinski, Trevor J. Pugh, Helen McDonald, Richard Varhol, Steven J.M. Jones, and Marco A. Marra. «Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing». BioTechniques, 45, 1, 2008, pàg. 81–94. Arxivat de l'original el 2009-03-21. DOI: 10.2144/000112900. PMID: 18611170 [Consulta: 3 maig 2016]. Arxivat 2009-03-21 a Wayback Machine.
↑ Chu Y, Corey DR «RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation». Nucleic Acid Ther, 22, 4, 8-2012, pàg. 271–4. DOI: 10.1089/nat.2012.0367. PMC: 3426205. PMID: 22830413.
↑ Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael «RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics». Nature Reviews Genetics, 10, 1, pàg. 57–63. DOI: 10.1038/nrg2484. PMC: 2949280. PMID: 19015660.
↑ «Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer». Nature, 458, 7234, 3-2009, pàg. 97–101. DOI: 10.1038/nature07638. PMC: 2725402. PMID: 19136943.
↑ Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS «The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments». Nat Protoc, 7, 8, 8-2012, pàg. 1534–50. DOI: 10.1038/nprot.2012.086. PMC: 3535016. PMID: 22836135.

[morin2008-1] Ryan D. Morin, Matthew Bainbridge, Anthony Fejes, Martin Hirst, Martin Krzywinski, Trevor J. Pugh, Helen McDonald, Richard Varhol, Steven J.M. Jones, and Marco A. Marra. «Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing». BioTechniques, 45, 1, 2008, pàg. 81–94. Arxivat de l'original el 2009-03-21. DOI: 10.2144/000112900. PMID: 18611170 [Consulta: 3 maig 2016]. Arxivat 2009-03-21 a Wayback Machine.

[2] Chu Y, Corey DR «RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation». Nucleic Acid Ther, 22, 4, 8-2012, pàg. 271–4. DOI: 10.1089/nat.2012.0367. PMC: 3426205. PMID: 22830413.

[3] Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael «RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics». Nature Reviews Genetics, 10, 1, pàg. 57–63. DOI: 10.1038/nrg2484. PMC: 2949280. PMID: 19015660.

[4] «Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer». Nature, 458, 7234, 3-2009, pàg. 97–101. DOI: 10.1038/nature07638. PMC: 2725402. PMID: 19136943.

[5] Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS «The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments». Nat Protoc, 7, 8, 8-2012, pàg. 1534–50. DOI: 10.1038/nprot.2012.086. PMC: 3535016. PMID: 22836135.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]