Idi na sadržaj

ANKRD24

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
ANKRD24
Identifikatori
AliasiANKRD24
Vanjski ID-jeviMGI: 1890394 HomoloGene: 49885 GeneCards: ANKRD24
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za ANKRD24
Genomska lokacija za ANKRD24
Bend19p13.3Početak4,182,689 bp[1]
Kraj4,224,814 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 10 (miš)
Hrom.Hromosom 10 (miš)[2]
Hromosom 10 (miš)
Genomska lokacija za ANKRD24
Genomska lokacija za ANKRD24
Bend10 C1|10 39.72 cMPočetak81,464,374 bp[2]
Kraj81,483,444 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

170961

70615

Ensembl

ENSG00000089847

ENSMUSG00000054708

UniProt

Q8TF21

Q80VM7

RefSeq (mRNK)
NM_133475
NM_001393552
NM_001393553
NM_001393555
NM_001393556

NM_001393557
NM_001393985

NM_027480
NM_001374016

RefSeq (bjelančevina)

NP_597732

NP_081756
NP_001360945

Lokacija (UCSC)Chr 19: 4.18 – 4.22 MbChr 10: 81.46 – 81.48 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš
Predviđena tercijarna struktura ANKRD24 upotrebom I-TASSER-a[5]

Ankirin ponavljajući domen-sadržavajući protein 24 je protein koji je kod ljudi kodiran genom ANKRD24.[6] Ovaj gen je također znan i kao KIAA1981[7]. Funkcija proteina kod ljudi još uvijek nije poznata. ANKRD24 je u porodici proteina koja sadrži domen ankirinskog ponavljanja.

Gen

[uredi | uredi izvor]

Lokus

[uredi | uredi izvor]
Citogenetička lokacija gena ANKRD24 [8]
Susjedstvo gena ANKRD24 [9]

Gen se nalazi na hromosomu 19 na poziciji p13.3 prednjeg lanca.[10][11] Gen je dugačak 4041 parova baza i sadrži 29 egzona.[9][12] U susjedstvu je gena SIRT6, koji kodira protein sirtuin-6 i gena EBI3,koji kodira protein Epstein-Barrovog gena3 virusne indukcije.[13]

Ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Obrazac ekspresije ANKRD24 je nekarakterističan. U uslovima rasta i proliferacije ćelija, nivo ekspresije se povećava. U tumorima klice, glioma i raka prostate, ekspresja je povišena u odnosu na druga stanja bolesti. Tokom razvoja, nivo ekspresije je povišen u fazi blastocista. U odraslih je povišen nivo ekspresije u placenti, želucu, bubrezima i oku u odnosu na druga tkiva.[14] Međutim, rezultati eksperimentalnih profila ekspresije gena nisu konzistentni u odnosu na ekspresiju ANKRD24, što upućuje na redundanciju gena i njegovog proteinskog proizvoda.

iRNK

[uredi | uredi izvor]

Alternativna ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Predviđeno je 13 varijanti prerade transkripata iRNK ANKRD24-a.[15]

Protein

[uredi | uredi izvor]

Opća svojstva

[uredi | uredi izvor]

Protein ANKRD24 dugačak je 1146 aminokiselina, ima molekulsku težinu 124 kDa i izoelektričnu tačku od 4,98.[16] Predviđa se da se sekundarna struktura sastoji od svih alfa-heliksa i da neće sadržavati ni jedan beta-list.[17] Predviđa se da će tercijarna struktura proteina biti spiralna zavojnica.

Sastav

[uredi | uredi izvor]

ANKRD24 ima relativno visok sadržaj alanina (15,0%), glutaminske kiseline (13,5%) i leucina (11,0%) i relativno nizak sadržaj cisteina ( 1,5%), fenilalanina (0,7%), triptofana (0,2%) i tirozina (0,8%). Protein sadrži pozitivne klastere koji bi mogli biti signali jedarne lokalizacije. Protein nema značajnije nakupine negativnog naboja i nema značajne obrasce naboja uopće.[18]

Aminokiselinska sekvenca
1020304050
MKTLRARFKKTELRLSPTDLGSCPPCGPCPIPKPAARGRRQSQDWGKSDE
RLLQAVENNDAPRVAALIARKGLVPTKLDPEGKSAFHLAAMRGAASCLEV
MIAHGSNVMSADGAGYNALHLAAKYGHPQCLKQLLQASCVVDVVDSSGWT
ALHHAAAGGCLSCSEVLCSFKAHLNPQDRSGATPLIIAAQMCHTDLCRLL
LQQGAAANDQDLQGRTALMLACEGASPETVEVLLQGGAQPGITDALGQDA
AHYGALAGDKLILHLLQEAAQRPSPPSALTEDDSGEASSQNSMSSHGKQG
APKKRKAPPPPASIPMPDDRDAYEEIVRLRQERGRLLQKIRGLEQHKERR
QQESPEASSLHILERQVQELQQLLVERQEEKESLGREVESLQSRLSLLEN
ERENTSYDVTTLQDEEGELPDLPGAEVLLSRQLSPSAQEHLASLQEQVAV
LTRQNQELMEKVQILENFEKDETQMEVEALAEVIPLALYDSLRAEFDQLR
RQHAEALQALRQQETREVPREEGAACGESEVAGATATKNGPTHMELNGSV
APETKVNGAETIDEEAAGDETMEARTMEAEATGAEATGAEATGAKVTETK
PTGAEVREMETTEEEANMETKPTGAQATDTETTGVEAMGVEATKTKAEEA
EMQAYGVGAGQAEPPVTGTTNMEATGSRATGMESTGVSATGVENPGVEAT
VPGISAGPILHPGAAEASEKLQVELETRIRGLEEALRQREREAAAELEAA
LGKCEAAEAEAGRLRERVREAEGSGASGGGGGDTTQLRAALEQAREDLRD
RDSRLRELEAASACLDEARASRLLAEEEARGLRAELAQREEARLEQSREL
EVLREQLATARATGEQQRTAAAELGRARDAAEARVAELPAACEEARQGLA
ELREASEALRQSVVPASEHRRLQEEALELRGRAASLEQEVVATGKEAARL
RAELERERVCSVALSEHERIVGTLQANVAQLEGQLEELGRRHEKTSAEVF
QVQREALFMKSERHAAEAQLATAEQQLRGLRTEAERARQAQSRAQEALDK
AKEKDKKITELSKEVFNLKEALKEQPAALATPEVEALRDQVKDLQQQLQE
AARDHSSVVALYRSHLLYAIQGQMDEDVQRILSQILQMQRLQAQGR
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Subćelijska lokalizacija

[uredi | uredi izvor]

Predviđa se da se protein ANKRD24 lokalizira u jedrima ćelija.[19]

Domeni

[uredi | uredi izvor]

ANKRD24 je u porodici proteina koja sadrži ankirin-ponavljajućere domene. Ponavljanja ankirina poznata su po tome što ulaze u interakcije protein-protein.[20] Protein takođe sadrži dvije regije upredene zavojnice.[21]

Post-translacijska modifikacija

[uredi | uredi izvor]

Predviđa se da se ANKRD24 podvrgava C-manodilaciji.[22]

Interaktivni proteini

[uredi | uredi izvor]

Predviđa se da ANKRD24 stupa u interakciju s diskovima velikog homologa 4 (DLG4), faktora produženja eukariotske translacije 1-alfa 1 (EEF1A1, unc-119 homologa A (UNC119), regulatornim faktorom vremena replikacije 1 (RIF1), proteinom kinaza C i supstratom kazein-kinaza u neuronima 1 (PACSIN1), podjedinicom jedarnog faktors NF-kappa-B p105 (NFKB1), kolesti-5-en-3β, 7α-diol 3β-dehidrogenaza (HSD3B7om, homologom smrtonosnih divovskih larvi 2 (L2GL2) i glukokortikoidom induciranim 1 (GLC) CI1.[23][24][25][26] Karakterizacija ovih interakcija još nije obavljena.[27]

Homologija

[uredi | uredi izvor]
Neukorijenjeno filogenetsko stablo ANKRD24 [28]

ANKRD24 nema ljudskog paraloga. Ortolognii proteini nalaze se u drugim organizmima. Sljedeća tabela predstavlja neke od ortologa pronađenih korištenjem pretraživanja u BLASTu.[29] BLAT-u.[30] Međutim, ovaj popis nije konačan za ortologe ANKRD24 i namijenjen je samo prikazivanju široke raznolikosti vrsta za koje se mogu naći ortolozi ANKRD24.

Rod vrste Uobičajeno ime Datiranjedivergencije (milioni godina)[31] Pristup nukleotidima Pristup proteinima Dužina sekvence (bp) Dužina sekvence (aa) E-vrijednost Identitet sekvence (%) Sličnost sekvence (%)
1 Homo sapiens Ljudi 0 NM_133475.1 NP_597732.1 4041 1146 100 100
2 Nomascus leucogenys Sjeverni bjeloobrazni gibon 19,9 XM_012503370.1 XP_012358824.1 3675 1165 0 95 96
3 Otolemur garnettii Malouhi galago 75,9 XM_012804592.1 XP_012660046.1 4181 1035 0 83 87
4 Trichechus manatus latirostris Floridski manati 105 XM_004378459.1 ] 3354 1117 0 81 86
5 Eptesicus fuscus Veliki smeđi šišmiš 97,5 XM_008150610.1 XP_008148832.1 3369 1122 0 80 84
6 Ailuropoda melanoleuca Gigantska panda 97,5 XM_002928471.2 XP_002928517.1 3729 1116 0 80 84
7 Loxodonta africana Afrički savanski slon 105 XM_003421925.2 XP_003421973.1 4049 1345 0 79 85
8 Octodon degus Degu 90,9 XM_004632746.1 XP_004632803.1 3381 1126 0 79 84
9 Chrysochloris asiatica Bjelokapa krtica 105 XM_006869037.1 XP_006869099.1 3747 1248 0 78 85
10 Orcinus orca Kit-ubica 97,5 XM_004277648.2 XP_004277696.1 3482 1079 0 77 82
11 Chelonia mydas Zelena morska kornjača 320,5 XM_007072230.1 XP_007072292 3051 1016 9.00E-178 63 77
12 Ficedula albicollis Ogrličasta muholovka 320,5 XM_005060250.1 XP_005060307 1885 621 2.00E-171 60 74
13 Gekko japonicus Japanski gekon 320,5 XM_015410656.1 XP_015266142 3057 1019 3.00E-175 58 75
14 Python bivittatus Burmanski piton 320,5 XM_007434390 XP_007434452 3192 1063 1.00E-167 58 75
15 Falco cherrug Stepski soko 320,5 XM_014277718.1 XP_014133193 1431 476 0 57 71
16 Stegastes partitus Dvobojna samodopadnica 429,6 XM_008295305.1 XP_008293527.1 3629 1095 2.00E-90 41 55
17 Trichomonas vaginalis G3 Trichomonas vaginalis 2040 XM_001329224.1 XP_001329259 774 257 2.00E-24 34 54
18 Ciona intestinalis Vazasta tunikata 733 XM_009863371.1 XP_009861673 3156 956 9.00E-24 32 48
19 Talaromyces stipitatus Gljiva 1302,5 XM_002486774.1 XP_002486819.1 3216 1071 3.00E-18 32 51
20 Cryptococcus neoformans Kvasac 1302,5 XM_012197089.1 XP_012052479.1 943 236 3.00E-16 32 51

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000089847 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000054708 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 26. 4. 2016.
  6. ^ "ankyrin repeat domain-containing protein 24 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 7. 2. 2016.
  7. ^ "ANKRD24 - Ankyrin repeat domain-containing protein 24 - Homo sapiens (Human) - ANKRD24 gene & protein". www.uniprot.org. Pristupljeno 7. 2. 2016.
  8. ^ "Gene Card entry for ANKRD24". Gene Card. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  9. ^ a b "ANKRD24 ankyrin repeat domain 24 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  10. ^ "Gene Card Entry on ANKRD24". www.genecards.org. Pristupljeno 7. 2. 2016.
  11. ^ "Gene: ANKRD24 (ENSG00000089847) - Summary - Homo sapiens - Ensembl genome browser 84". useast.ensembl.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  12. ^ "Homo sapiens ankyrin repeat domain 24 (ANKRD24), mRNA - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 26. 4. 2016.
  13. ^ "ANKRD24 ankyrin repeat domain 24 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 27. 4. 2016.
  14. ^ "EST Profile - Hs.197872". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 27. 4. 2016.
  15. ^ "ankyrin repeat domain-containing protein 24 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  16. ^ "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  17. ^ "Phyre 2 Results for My_protein". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Pristupljeno 27. 4. 2016.[trajno mrtav link]
  18. ^ "SAPS submission on ANKRD24". Biology WorkBench.
  19. ^ "Gene Card Entry on ANKRD24". www.genecards.org. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  20. ^ Mosavi LK, Cammett TJ, Desrosiers DC, Peng ZY (juni 2004). "The ankyrin repeat as molecular architecture for protein recognition". Protein Science. 13 (6): 1435–48. doi:10.1110/ps.03554604. PMC 2279977. PMID 15152081.
  21. ^ "ANKRD24 - Ankyrin repeat domain-containing protein 24 - Homo sapiens (Human) - ANKRD24 gene & protein". www.uniprot.org. Pristupljeno 8. 2. 2016.
  22. ^ "NetCGlyc 1.0 Server". www.cbs.dtu.dk. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  23. ^ "8 binary interactions found for search term ANKRD24". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Pristupljeno 25. 8. 2018.
  24. ^ al., David Lynn et. "InnateDB: Systems Biology of the Innate Immune Response". www.innatedb.com. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  25. ^ "mentha: the interactome browser". mentha.uniroma2.it. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  26. ^ "mint database". mint.bio.uniroma2.it. Arhivirano s originala, 6. 5. 2006. Pristupljeno 24. 4. 2016.
  27. ^ "STRING: functional protein association networks". string-db.org. Pristupljeno 8. 2. 2016.
  28. ^ "DRAWTREE". Biology WorkBench.
  29. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  30. ^ "UCSC Genome Bioinformatics: FAQ". genome.ucsc.edu. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  31. ^ Hedges SB, Marin J, Suleski M, Paymer M, Kumar S (april 2015). "Tree of life reveals clock-like speciation and diversification". Molecular Biology and Evolution. 32 (4): 835–45. arXiv:1412.4312. doi:10.1093/molbev/msv037. PMC 4379413. PMID 25739733.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=ANKRD24&oldid=3609500"