Eyring equation 속의
Wigner transmission correction은 오직 TS에서의 Imaginary Vibrational Frequency에 대한 정보만을 필요로 합니다. 이 외에 Rate constant를 구하기 위해서 Reactant와 TS에서의 Gibbs Energy, 그리고 온도를 필요로 합니다. 이외에 옵션으로 Reaction Symmetry 보정을 위한 Reactant와 TS의 xyz file이 필요합니다.
- 필요 정보
- 온도
- 전이상태에서의 허수 진동수
- 깁스 에너지
- xyz 좌표 파일 (option)
두가지 사용 모드가 존재합니다.
명령행 인수가 있으면 input mode로 실행되고 없으면 interactive mode로 실행됩니다.
- input mode : input 파일을 작성한 후 커맨드줄 인수로 제공
- interactive mode : 커맨드 라인에서 필요한 값들을 직접 제공함
# interactive mode #
> python easyRATE.py
# input mode #
> python easyRATE.py input.inp
필요한 인풋 파일의 구조는 다음과 같습니다. ( # 1개로 시작하는 줄은 주석으로 처리. ## 는 오류 발생 )
# Imaginary Frequency in TS #
Imaginary Frequency [cm^-1] = -1530
# Temperatures #
# Style #1 : Temp_1 Temp_2 Temp_3 Temp_4 ...
# Style #2 : start_Temp end_Temp interval
Temperatures list [K] = 300 500 10
# Special Temperatures (optional) #
# Style #1 : Stemp_1 Stemp_2 Stemp_3 ... e.g. 273.15 293.15 298.15
# Style #2 : 'auto' will set 273.15(STP) 293.15(NTP) 298.15(SATP)
Special Temperatures [K] = auto
# Unit Type #
# 1 : Hartree
# 2 : kcal/mol
# 3 : kJ/mol
Unit Type = 2
# Thermodynamic Energy #
Gibbs(Reactant) = -74
Gibbs(TS) = -39
# RXN symmetry number #
# 'auto' will automatically set symmetry number from your geometry file
RXN Symmetry Number = 1
# consumption time #
# ---------------------------------------------------------------------- #
# This input is for calculating the decay-time of your reactant. #
# But meaning of decay-time is depends on your reacton system. #
# Plz be aware that 'What is the decay-time for which concentration? #
# ---------------------------------------------------------------------- #
# 50 for half-life
consumption percent = 50
# XYZ file (optional) #
# xyz geometry file for auto RXN symmetry number estimation (optional)
Reactant xyz file =
TS xyz file =
- wigner transmission correction
- Eyring equation
- Reaction Symmetry Number
- Wigner correction의 경우 Eckart correction과 비교했을 때 저온에서 부정확함
- gas phase rxn에 대해서만 지원함
- Reaction symmetry auto-estimation에 필요한 point 그룹별 roatational symmetry number 추가
- 현재 A -> TS -> B 반응만 지원함. 더 많은 반응 지원
- Int J Quantum Chem. (2018) ; e25686.
- Theor Chem Account (2007) 118, 813–826