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면역계통에 이상이 있는 경우는 세균의 과다성장과 원생생물·기생충 등의 감염에 의해 백혈구와 적혈구가 증가되고, 소장에서의 흡수가 원활하게 이루어지지 않기 때문에 소화장애가 발생한다. 또한 단백질에 대한 다양한 알레르기 반응이 일어나기도 한다.

질병의 유형은 크게 유전자 이상에 의한 선척적인 것과 외부의 영향에 의한 후천적인 것으로 나눌 수 있다. 소화계의 암 발생, 입·구강의 기형, 스트레스에 의한 침 분비 이상, 식도와 기도의 미분리, 궤양 등 여러 가지 요인이 소화장애를 유발하며, 염색체의 이상에서 유래된 특정 소화효소의 결핍과 신경전달의 이상에 의해 호르몬 분비의 조절이 비정상적인 경우에도 소화장애가 발생한다.