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이 기구는 1923년에 설립된 국제연맹 산하 보건기구와 1909년 파리에 설립된 국제공중보건사무소의 전염병 통제, 격리조치, 약물표준화 등에 관련된 특수한 업무를 계승했으며, 모든 사람들이 최상의 건강상태를 달성할 수 있도록 하는 정책을 추진하기 위해 보건기구헌장의 범위 내에서 폭넓은 권한을 위임받고 있다. WHO는 건강을 단순하게 질병이 없는 상태로서가 아니라 완전한 육체적·정신적, 그리고 사회복지의 상태라고 하는 적극적 의미로 규정하고 있다.

제네바에 본부를 두고 있는 WHO는 3개의 주요기관에 의해서 운영된다. 세계보건총회는 전반적인 정책을 결정하는 기관으로서 매년 소집되고, 집행위원회는 보건전문가로 구성되어 있으며 이들은 총회에서 3년 임기로 선출된다. 마지막으로 사무국은 전세계적으로 지역사무소와 분야별 행정요원들을 갖추고 있다. 조직의 재정은 우선 상대적인 기여 능력에 따라 회원국 정부가 매년 기부하는 재원으로 충당된다. 이와 함께 1951년 이후에는 UN의 확대기술원조계획에 따라 실질적인 자원을 배분받고 있다.

WHO의 업무는 3가지로 분류된다.

첫째, 중앙검역소 업무와 연구자료를 제공한다. 이 기구는 성문화된 세계위생법을 갖추고 있는데 이 법은 불필요하게 국가간 무역이나 항공여행 등을 방해하는 일이 없도록 검역조치를 표준화했다. WHO 중앙사무국은 또한 회원국 정부에게 백신의 사용이나 암연구, 영양학적 발견, 약물중독의 통제, 방사능에 의한 건강상의 위해 등에 관한 최신 정보를 제공한다.

둘째, 이 기구는 유행병 및 전염병에 대한 대책을 후원한다. 즉 국가적 범위의 예방접종계획 등을 포함하여 대중 캠페인을 벌이는 일, 항생제 및 살충제 사용 교육, 조기진료 및 예방을 위한 연구소와 의료시설의 향상, 깨끗한 생수 공급과 위생 체계 등을 도와주는 일, 그리고 시골지역 주민에 대한 건강 교육 등의 사업을 추진한다. 이러한 사업들은 결핵·말라리아·성병 등에서 상당한 성공을 거두었으며, 콜레라·트라코마·황열병·인도마마에서도 괄목할 만한 진전을 가져왔다. 1980년 5월 천연두가 지구상에서 박멸되었다고 선언했는데 이것은 주로 WHO의 노력에 따른 성공이었다.

셋째, 회원국의 공중보건 행정을 강화하고 확장하도록 노력한다. 회원국의 요청이 있으면, 장기 국민보건계획을 준비하는 정부에게 기술적인 권고를 해주고, 현지 조사나 시범연구계획을 수행할 전문가단을 파견한다.