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최근 환경론자들과 농기업 간에 공장식 축산 농장에 대한 논쟁이 활발하다. 공장식 축산 농장이란 가축을 대량으로 사육하거나 혹은 광범위한 경작지에서(비료 성분을 유출시키며) 작물을 재배하는 기업 소유의 농장을 의미한다. 이러한 농장은 대기 오염 문제를 일으키는 중요한 요인이기도 하다. 공장식 축산 농장에서 발생하는 가축의 배설물이 너무 많아 그것들을 처리하기 위한 대형 인공못을 만들어야 할 정도이다. 액체 성분의 분뇨는 일부가 비료 형태로 경작지에 뿌려지기도 하지만, 이를 통해 배설물 문제를 원천적으로 해결할 수는 없다. 가축 배설물에서 암모니아 가스, 메탄, 황화수소, 이산화탄소 등 많은 양의 유독성 오염 물질이 발생하며, 이는 산성비 생성과 오존층 파괴 등의 환경 문제로 이어진다. 게다가 가축의 트림이나 방귀는 대기의 메탄가스를 증가시키는 매우 중요한 요인으로, 미국 환경보호국에 따르면 인간 문명에서 발생하는 총 메탄가스의 20%가 농업 활동에서 비롯된다고 한다.

소, 돼지 등 가축의 수가 급증하면서 가축으로부터 배출되는 메탄가스는 오존층에 위협이 되고 있다.