작자 미상의 〈소아 진료 The Children's Practice〉라는 유럽의 책이 소아 질병을 처음으로 다룬 책으로 12세기에 출판되었다. 그러나 18세기에 이르러서야 유럽에서 소아과학에 관심이 모아지게 되었다.

1745년에 세워진 런던 고아원 같은 최초의 전문 소아병원들이 이 시기에 세워졌다. 이러한 병원들은 19세기 중반에 의과대학에서 독립된 학과로 가르치기 시작했던 소아과학의 중요한 수련기관이 되었다. 초기 소아과학은 소아의 감염성 질환에 대한 치료에 중점을 두었다.

영국은 토머스 시드넘이 17세기에 처음으로 홍역, 성홍열 및 다른 질병들을 정확하게 기술하기 시작했으며, 소아질병에 대한 임상연구는 18세기에서 19세기를 거치면서 활발하게 진행되어 1838~43년 프랑스에서 프레데리크 리이에와 앙투안 바르테즈에 의해 최초의 현대적 소아교과서가 출판되기에 이르렀다. 그러나 19세기말까지는 이런 질병들을 치료할 방법이 거의 없었다.

소아과 의사, 면역학자, 공중보건학자들의 공동노력으로 소아질병이 줄어들게 되자 소아과학의 주된 관심이 어린이의 정상적인 성장과 발육을 감시하고 연구하는 것으로 옮겨가기 시작했고 20세기초에는 처음으로 육아상담소가 세워지게 되었다. 20세기 중엽에는 항생제와 백신의 사용으로 선진국에서는 심각한 소아성 감염질환이 거의 사라지게 되었고 영아와 소아 사망률은 아주 낮은 수준이 되었다.

지난 반세기 동안 소아과학은 다시 영역을 넓혀 소아건강의 의료적 측면뿐 아니라 행동과 사회적인 면까지 포함하게 되었다.