맥앤치즈 질감을 살리는 핵심 재료는 '밀가루'다. 모든 밀가루 포함 전분이 모든 요리에서 걸쭉한 질감을 내는 데 일조한다. 전분은 포도당이 사슬처럼 길게 이어붙은 아밀로오스 분자와 나뭇가지처럼 얽혀있는 아밀로펙틴 분자가 한데 얽혀 알갱이 속에 들어있다. 여기에 물과 열을 가하면 알갱이 내부에 수분이 가득 찬 후, 열에너지로 물이 터지면서 아밀로오스 분자와 아밀로펙틴 분자가 액체 곳곳으로 분산된다. 아밀로오스 분자는 옆에 있는 아밀로오스 분자들과 서로 달라붙어 느슨한 그물망을 형성하면서 점성을 높인다. 이 성질을 극대화해야 끈적한 맥앤치즈를 만들 수 있다.
밀가루를 볶지 않고 우유를 빠르게 넣으면 밀가루는 가루 덩어리를 형성해 우유와 섞이지 않는다. 밀가루를 약불에 볶아 전분 알갱이 사이 수분을 날려주고, 천천히 우유를 넣으면 자연스럽게 전분 알갱이가 서로 덩어리를 형성하지 않고 우유에 퍼진다. 열이 조금 더 가해지면, 알갱이가 터지면서 아밀로오스 분자들이 서로 달라붙는 작용이 일어나며 점성이 생긴다. 요리과학자 켄지 로페즈알트가 직접 실험으로 천천히 우유를 붓는 게 얼마나 중요한지 밝혔다. 로페즈알트는 밀가루를 1분 정도 볶은 두 팬을 준비했다. 한 팬에는 우유 250mL를 한 번에 넣었고, 다른 팬에는 같은 양의 우유를 15초에 걸쳐 넣었다. 그 결과, 우유를 천천히 넣은 소스가 훨씬 정도가 높았고 매끄러웠다. 우유를 빨리 넣은 소스는 묽고, 밀가루 알갱이와 우유가 분리돼 있었다.
실수로 우유를 빨리 부었다면, 믹서기나 푸드프로세서를 이용하면 된다. 우유와 밀가루를 넣고 믹서기 등으로 빠르게 섞어주면, 덩어리졌던 밀가루가 우유에 골고루 퍼진다. 이후 다시 열을 가하면, 점성을 높일 수 있다.